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黄姑鱼和鮸鱼是我国重要的经济鱼类，由于过度捕捞以及环境的污染破坏，导致鱼业资源急剧衰退，包括黄姑鱼、鮸鱼在内的经济鱼类资源显著下降。因此开展对黄姑鱼、鮸鱼种质资源及遗传多样性现状的研究，即本研究中利用采集于青岛、舟山、宁德和珠海的黄姑鱼样本以及采集于青岛、崇明、舟山、宁德的鮸鱼样本，应用COⅠ基因及微卫星技术等研究方法，对黄姑鱼和鮸鱼进行遗传多样性和遗传结构的分析，对我国重要渔业种质资源的保护和合理开发利用具有极其重要的意义。主要研究结果如下：1、利用48尾黄姑鱼（Nibea albiflora）样本，筛选出11个微卫星位点。这11个微卫星位点的等位基因数的范围为5至25个，平均每个位点有12.5个。位点的观测杂合度(Ho)值的范围在0.583至0.917之间，期望杂合度(He)值的范围在0.568至0.964之间。有两个位点偏离了哈德-温伯格平衡。此外各位点的连锁不平衡检定未见连锁不平衡的迹象。2、为了解四个不同地理群体黄姑鱼（Nibea albiflora）的群体遗传结构和多样性，采用线粒体COⅠ基因测序，对青岛、舟山、宁德、珠海4个黄姑鱼群体的遗传变异进行了分析。结果表明，601bp的COⅠ序列中包含21个多态性位点。108个个体中，共定义了19个单倍型，平均单倍型多样性指数(Hd)为0.697±0.00225,核苷酸多样性指数(Pi)为0.00172±0.000210。分子方差分析（AMOVA）表明97.67%的遗传变异出现在种群内，仅有2.33%出现在种群间。群体间的遗传分化系数Fst的平均值为0.0266（P<0.01）。中性检验和碱基岐点分布（Mismatch distribution）分析结果表明黄姑鱼群体可能发生过种群扩张事件。3、为了解四个不同地理群体鮸鱼（Miichthys miiuy）的群体遗传结构和多样性，采用线粒体COⅠ基因测序，对青岛、崇明、舟山、宁德4个鮸鱼群体的遗传变异进行了分析。结果表明，599bp的COⅠ序列中包含35个变异位点，其中简约信息位点18个。109个个体中，共定义了20个单倍型，平均单倍型多样性指数(Hd)为0.731±0.047,核苷酸多样性指数(Pi)为0.00278±0.0019，表现为高单倍型多样性和低核苷酸多样性。分子方差分析（AMOVA）表明98.94%的遗传变异出现在种群内，仅有-0.74%出现在种群间。群体间的遗传分化系数为Fst平均值为0.0023（P>0.05），群体间无显著遗传分化。NJ系统树显示，两个地理来源的单倍型没有明显的地理群聚和谱系结构。中性检验和碱基岐点分布（Mismatch distribution）分析结果表明鮸鱼群体可能发生过种群扩张事件。