本研究分析了9个地方鸡种(仙居鸡，白耳鸡，萧山鸡，固始鸡，泰和乌骨鸡，茶花鸡，大骨鸡，北京油鸡，尤溪麻鸡)和一个外国品种(矮脚黄鸡)在8个微卫星座位上的遗传变异。计算了杂合度，有效等位基因数，多态信息含量。利用三种遗传距离(D_S、D_A、D_C)分别构建了10个鸡种的系统聚类图。结果表明： 本研究在8个微卫星座位上共检测到了54个等位基因，每个座位的平均等位基因为6.75，各座位上的等位基因数为6-14，其中MCW135座位上的等位基因数最多为14，MCW5座位上的最少为6。各位点平均多态信息含量在0.5071-0.7437，均大于0.5，表现为高度多态性。 各群体平均杂合度为0.5564(矮脚黄鸡)～0.7135(仙居鸡)，地方鸡种具有比国外鸡种更丰富的遗传多样性。地方鸡种的遗传一致性较差，需进一步纯繁选育。 三种遗传距离(D_S、D_A、D_C)存在极显著的相关性，绘制的系统聚类图较为相似：外国鸡种与地方鸡种间的亲缘关系均较远。地方鸡种中，仙居鸡，白耳鸡，泰和鸡，北京油鸡，大骨鸡，萧山鸡亲缘关系较近。茶花鸡与固始鸡存在某种联系，尤溪麻鸡与其它鸡种的距离相对较远。地方鸡种在起源，进化，遗传背景上与国外鸡种存在显著差异，在漫长的进化和选择过程中，形成了具本品种特征的遗传特性。 本文的聚类结果与品种的历史起源、地理位置、形态特征等基本吻合。说明了这三种估算遗传距离的方法结合微卫星标记构建系统发生树是可行的。本研究的结果可为正确评价各品种遗传多样性的资源价值，制定合理可行的保种方案，预测杂种优势提供理论依据。