自然保护区作为保护自然资源、生物多样性的有效措施,是建设生态文明、国家生态安全保障的重要载体,随着自然保护区数量和类型的不断增加,客观评价和比较不同自然保护区对保护成效的影响,对于保护物种多样性、保证国家合理的经济投入和调整政府管理方案具有重要意义,而生态系统质量作为衡量区域生态系统健康的描述性变量,如植被参数,对物种生存和种群恢复具有指导意义。建立一种旗舰种或伞形种与生态系统质量的综合评价方法,有助于提高自然保护区保护成效的评估水平。然而,在科学、经济和常规原则的支持下,建立一个快速评价生态系统质量的新框架也很重要。在此,我们提出了一个新的框架,将理想参考的新概念纳入评价体系,这将有助于比较不同时期和地区的结果。新框架被称为“理想参考和关键指标”（IRKI）,能够充分满足区域和国家快速评价生态系统质量的要求。此外,IRKI还可以识别自然保护区的恢复潜力和恢复周期,从而促进资源的合理配置,提高保护效果。中国的自然保护区有很多种类型,截至2018年末,中国共建立2750个各种类型的自然保护区,总面积约147.17万平方公里,占陆地国土面积的14.86%,因此有必要对不同类型的自然保护区的评估方法或参数进行部分调整。总的来说,IRKI提供了一个简单、清晰和可比较的框架,这将有力地加强保护区的保护,并促进管理实践的标准化。另外本文基于“理想参照系和关键指标”的自然保护区的生态系统质量评估方法,依托额尔古纳、辉河和锡林郭勒国家级自然保护区为具体案例进行了验证。研究选取了净初级生产力、植被覆盖度以及生物质能密度作为评估指标,通过植被恢复潜力计算自然保护区内部及整体的生态系统质量指数。研究结果表明:（1）2000–2018年,额尔古纳自然保护区的生态系统质量较高,且呈上升趋势,功能分区的生态系统质量无明显差异;（2）2000–2018年,辉河自然保护区的生态系统质量显著低于额尔古纳自然保护区的生态系统质量,且多年来无明显变化;（3）锡林郭勒自然保护区的生态系统质量显著低于额尔古纳自然保护区的生态系统质量,但其核心区的生态系统质量呈上升趋势,且整体生态系统质量的上升速度锡林郭勒自然保护区显著高于额尔古纳自然保护区。“理想参照系和关键指标”评估方法可科学、快速地开展自然保护区的生态系统质量评估,不仅能高效指示生态变化及现状,也能对自然保护区的规范化建设和管理提供参考,进而推动“美丽中国”发展战略的实施。