基于连接酶反应的芯片实时定量PCR技术

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近几年,基于微流控芯片技术的实时定量PCR技术由于具有高通量、低成本、低消耗等诸多优点,正逐渐受到越来越广泛的关注,并开始应用于生命科学的各个研究领域。本论文中,我们建立了一套基于SYBR Green体系的纳升级液滴阵列实时定量PCR系统,并且开发了一种基于连接酶反应的PCR方法,用于检测生物样本中的microRNA (miRNA)表达量。该方法采用T4RNA连接酶取代T4DNA连接酶,减少了非特异性连接的影响,提高了检测的特异性。通过将SYBR Green荧光染料应用于液滴型微型化实时PCR系统,大幅降低了系统成本。第一章综述了传统PCR和荧光实时定量PCR的原理与主要应用,并对荧光标记方法做了详细介绍;系统地综述了微流控芯片PCR的优势和主要类型;此外,全面介绍了检测miRNA的常规方法与最新进展。第二章的工作中,建立了一套基于茎环探针连接反应与SYBR Green实时定量PCR的纳升级液滴阵列miRNA检测系统。茎环探针连接反应可克服逆转录反应的缺点,且我们用T4RNA连接酶代替了常规的T4DNA连接酶(前者对连接位点的识别能力更强),并改进了茎环探针的设计,减少了非特异性连接的影响。SYBR Green取代TaqMan探针则可大幅降低检测成本。实验中,我们使用mir-122作为检测靶标,优化了500nL液滴中SYBR Green的用量,在液滴阵列中实现了茎环探针的连接与实时PCR检测(检测范围跨越6个数量级,标准曲线R2达到了0.9997,扩增效率为96.83%),并成功测定了小鼠5种组织样本(脾脏、肾脏、肝脏、肺脏、脑)中mir-122的表达量,结果与TaqMan探针体系相符。该系统有望成为一项简便、灵敏、准确且廉价的miRNA检测工具,有着大规模实际应用的潜力。
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