隐孢子虫(Cryptosporidium)与毕氏肠微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi)均为重要的人兽共患机会性致病病原,多寄生于哺乳动物肠道并主要导致宿主产生腹泻症状。免疫力正常者感染此类病原体多产生自限性腹泻,免疫力低下或缺失者则会造成严重的脱水性腹泻,甚至危及生命。这些病原在世界范围内广泛分布,可通过粪-口途径、直接接触或食入污染的食物或饮水进行传播。我国是世界上驯养梅花鹿最多的国家,其梅花鹿鹿茸产量及质量居世界第一。鹿及其副产品均具有很高的经济价值,养鹿业已成为我国经济动物饲养中的重要产业之一。本研究从流行病学调查、种类/基因型鉴定、亚型分型、遗传多态性分析4个层次对河南省和吉林省共7个地区进行了鹿源隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫分子流行病学研究。本次研究共采集梅花鹿、马鹿、麋鹿粪便样品662份,采用饱和蔗糖溶液漂浮法检查共发现6种肠道寄生虫,分别为球虫、隐孢子虫、贾第虫、圆线虫、鞭虫和绦虫,寄生虫总感染率为26.89%,其中球虫和隐孢子虫为优势感染虫种,1岁以下的鹿感染率最高,尤其是1-2月龄的仔鹿。对45份隐孢子虫阳性样品进行基于SSU rRNA基因位点的PCR扩增以及序列比对、同源性分析、分子进化树构建,共鉴定出5个隐孢子虫虫种和1个基因型,包括11个C.parvum(24.44%)、5个C.andersoni(11.11%)、3个C.ubiquitum(6.67%)、1个C.muris(2.22%)、1个C.suis(2.22%)和24个Cryptosporidium deer genotype(53.33%)。其中,Cryptosporidium deer genotype为优势感染基因型,C.andersoni、C.muris和C.suis为首次在鹿体内发现的虫种。鹿源C.parvum和C.ubiquitum亚型分型采用基于gp60基因的DNA序列分析。11个C.parvum分离株被成功分型5个,4个为IIaA15G2R2,1个为IIdA19G1;3个C.ubiquitum分离株均属于XIIa subtype 2。IIaA15G2R2和IIdA19G1为首次在鹿体内鉴定的基因亚型。基于ITS基因,共鉴定235份毕氏肠微孢子虫阳性样品,总感染率为35.50%。发现26个基因型,其中BEB6、HLJD-I、HLJD-IV、COS-I、COS-II、EbpA、EbpC和D为已知基因型,BEB6为优势基因型,EbpC和D为人兽共患基因型;18份鉴定为新基因型,命名为New 1-18,均分布在组1和组2。本研究对河南省和吉林省鹿源隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫进行了系统的流行病学调查,并对其分子遗传特征和多态性进行了鉴定和分析。研究结果使我们更好地了解鹿在隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫在人兽传播中的作用和潜在威胁,具有一定的公共卫生意义,从而为进一步研究我国不同地区隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫的分子流行病学以及有效防控提供了参考资料。