环境行政公益诉讼的客观诉讼属性、检察机关作为法定起诉主体、以环境公共利益受损为启动要件以及特殊的“双阶构造”等特性构成了环境行政公益诉讼举证责任的制度基础。基于此,环境行政公益诉讼的举证不同于传统行政私益诉讼的“举证责任倒置”,适用“谁主张,谁举证”的一般原则。本文结合理论与实务,对环境行政公益诉讼的举证责任分配进行了梳理和分析。在一般环境行政公益诉讼案件中,检察机关就案件符合受案范围、环境公共利益收到损害、被诉行政机关具有法定监督职责、违法行使职权案件中行政机关存在违法行使职权、已履行诉前督促程序、检察建议送达后行政机关未完全履行法定监管职责等待定事实承担举证责任;行政机关则对是否已履行法定监管职责、行政行为具有合法性等待定事实承担举证责任。在一些特殊环境行政公益诉讼案件中,存在检察建议回复期内受损环境公共利益因客观原因无法恢复的情形。确实存在该种情况的,经由行政机关提出方案、检察机关认可,可以暂不提起诉讼。因这类案件中存在新的待证事实,故而诉讼双方应承担额外的举证责任:行政机关为暂停诉讼应就“阻碍公共利益恢复的客观原因真实存在”承担举证责任;而检察机关为继续提起诉讼应就“行政机关提出的整改方案不具有可行性”承担举证责任。环境公共利益受损是环境行政公益诉讼的举证核心和立案之基。环境公共利益受损定性判断困难,且后期环境损害修复需展开针对性定量评估,这一客观需求决定了此类诉讼对鉴定意见的举证具有较高的依赖性,鉴定意见是检察机关举证的坚核。因此,公益鉴定制度的完善是环境行政公益诉讼举证制度完善的一个关键。针对实务中鉴定意见的举证存在的机构力量不足、成本高、周期长、取证难等问题,本文提出了加强公益诉讼鉴定机构建设和制度建设,健全鉴定技术规范体系的解决方式。同时,应当加快出台环境行政公益诉讼举证责任的专门司法解释和指南,发挥案例指导制度的功能,完善专家辅助人等配套制度建设,推动环境行政公益诉讼举证责任制度的发展。