近年来,司法实践中出现的公立高校科研人员贪污科研经费的案件越来越多。关于此类案件如何定罪处罚,引起了法学理论界和实务界的激烈讨论。笔者选取四个具有代表性的案件,通过分析基本案情,归纳出争议焦点主要为以下几点:公立高校科研人员是否具有国家工作人员身份、科研经费是否属于公共财产、高校科研人员有无职务便利可利用以及是否具有非法占有之目的四方面。研究此类案件,为司法机关适用法律提供合理有益的参考,为完善科研经费的管理提供合理借鉴,有一定理论及实践意义。通过梳理我国相关法律法规及法院的裁判观点,结合学者的前沿理论研究,运用法律解释法、案例分析法等研究手段,对于争议焦点得出明确的结论:公立高校科研人员中仅课题组负责人可认定为“国家工作人员”,因其具有国有事业单位工作人员身份,且对于科研项目的管理属于“从事公务”的范畴,而一般科研人员的教学、科研活动不属于“从事公务”;公立高校科研经费应认定为“公共财物”,其中纵向科研经费因设置目的、经费来源、用途等方面具有“公共财物”性质,而横向科研经费置于公立高校监管之下,属于国有事业单位管理控制的财产,也可成为贪污罪的犯罪对象;课题组负责人对科研经费有“主管”的职务便利,可要求课题依托单位（高校财务管理部门）划拨或者报销科研经费,而一般科研人员无职务上的便利;使用违法手段套取公款后未用于公务用途,可认定行为人具有非法占有的主观目的。办案机关应准确把握入罪标准,保持刑法谦抑性,不得随意扩大打击范围,仅有少量情节严重符合犯罪构成要件的套取经费行为予以贪污罪评价,其余给予合适的党纪政务处分即可。为完善科研经费的管理,应调整科研绩效奖励、加强经费监督检查、强化纪法教育和人员配置。