目的：通过对新型农村合作医疗三种管理模式的具体界定，借鉴平衡计分卡(theBalancedScorecard，BSC)理论，制定新型农村合作医疗经办机构运行绩效评价指标体系，并运用评价指标体系对江苏省新型农村合作医疗三种管理模式经办机构运行绩效进行评价，分析三种管理模式运行绩效差异的原因，预测新型农村合作医疗经办管理模式发展方向和分析影响新型农村合作医疗经办管理模式选择的因素，并提出针对性的政策建议，为未来制度建设和可持续发展提供决策参考依据。 方法：(1)文献研究：查阅相关文献资料，提炼本研究所涉及的科研问题；(2)绩效评价指标构建：利用BSC理论分解新型农村合作医疗经办机构战略目标，构建评价指标体系，运用层次分析法和专家咨询法等方法确定评价指标的权重(3)满意度问卷调查：设计满意度问卷，选择代表新型农村合作医疗三种管理模式的江阴市、常熟市和昆山市作为样本地区，采取随机整体抽样方法对参合农民进行满意度调查；(4)统计分析：运用EXCELL、SPSS等统计软件对调查数据资料指标进行描述性分析、单因素方差检验等统计分析；(5)政策分析：根据新型农村合作医疗的运行情况，结合国内外经验，通过对新型农村合作医疗政策进行分析，提出新型农村合作医疗制度可持续发展的政策建议。 主要结论：(1)运用本研究制定的新型农村合作医疗经办机构运行绩效评价指标体系对三种管理模式2007年的运行绩效进行评价得出：保险公司业务主管模式运行绩效最佳，其次是社会医疗保险经办机构主管的新型农村合作医疗管理模式，合管办主管的新型农村合作医疗管理模式运行绩效最低；(2)三个样本地区保险公司业务主管模式和社会医疗保险经办机构主管的新型农村合作医疗管理模式运行绩效差异较小，这两种管理模式的运行绩效与合管办主管的新型农村合作医疗管理模式运行绩效差异较大；(3)三种管理模式样本地区参合农民满意度绩效指标差异明显；(4)三种管理模式经办机构运行绩效差异与三种管理模式经办机构的战略目标的达成程度有关，仅从绩效指标排名分布来看，江阴市新型农村合作医疗经办机构的运行绩效仍然为最佳，常熟市和昆山市由于绩效指标排名分布情况呈现不同的方向，不能从绩效指标排名中得出经办机构运行绩效的优劣。(5)影响新型农村合作医疗未来管理模式选择的因素主要有政府政策凋整、政府部门职能调整和不同管理模式运行绩效的影响因素，此外，还有当地的经济发展水平、领导人的个人喜好和价值取向、经办人员的素质等。 政策建议：明确新型农村合作医疗的社会保险性质，完善医疗保障制度设计；解决新型农村合作医疗经办机构人员编制问题，保证管理费用及时到位；建立起稳定、有效和可持续发展的筹资机制，逐步提高筹资水平和补偿水平；合理分配保险基金，提高基金使用效率，保证新型农村合作医疗政策目标的达成；加强新型农村合作医疗相关职能部门间的协调联动；逐步提高区域统筹层次，逐步统一新型农村合作医疗管理模式和补偿方案；建立多层次的农村医疗保障体系，完善农村医疗保障制度。