【摘 要】
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为了更广泛地了解猪肉品质的遗传控制机制和寻找新的候选基因,本研究利用课题组前期研究中宁乡猪的相关转录组数据分析结果,选择参与调控脂质代谢通路的基因作为研究切入点,筛选出氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome proliferator activated receptor alpha,PPARα）、长链酰基辅酶A脱氢酶（Acyl-Co A dehydrogenase,long chain,A
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为了更广泛地了解猪肉品质的遗传控制机制和寻找新的候选基因,本研究利用课题组前期研究中宁乡猪的相关转录组数据分析结果,选择参与调控脂质代谢通路的基因作为研究切入点,筛选出氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome proliferator activated receptor alpha,PPARα）、长链酰基辅酶A脱氢酶（Acyl-Co A dehydrogenase,long chain,ACADL）及烯酰辅酶A水合酶短链1（enoyl-Co A hydratase,short chain 1,ECHS1）三个已知参与脂肪代谢调控,且在不同生长阶段中表达具有显著差异的关键基因进行研究。试验将300头宁乡猪的测序结果与Gen Bank中的杜洛克猪原始DNA序列及群体内进行比对后筛选SNP,并与肉质性状（剪切力、p H值、肉色、大理石纹、滴水损失）及胴体性状（左胴体重、背膘厚、胴体长、胴体斜长、眼肌面积、皮厚）指标进行了关联分析,探讨了基因部分序列中的SNP对宁乡猪肉质及胴体性状的影响。主要结果如下:1.为了验证PPARα、ACADL和ECHS1三个参与脂肪酸代谢调节的基因在转录组数据中显示为下调情况,采用RT-q PCR方法验证了三个基因在宁乡猪肝脏中的表达量。结果显示,所有基因在不同生长阶段的宁乡猪肝脏中m RNA表达存在差异,且三个基因在脂肪酸代谢调节中均属于下调基因,在同一组织中的表达量随体重下降而降低。2.对验证后的三个基因作进一步的研究,挖掘基因中影响肉质及胴体性状的SNPs,结果在三个候选基因部分序列中筛选到9个突变位点（g.52562 T>C、g.52569C>T、g.52638 C>T、g.52651 C>T、g.52721 T>C、g.126 C>A、g.88 G>A、g.2080 G>A、g.1951 C>A）。其中,除g.2080 G>A（rs334738946）、g.88 G>A（rs339851356）和g.126C>A（rs331933044）为已知突变外,其他6个突变位点均为未知。PPARα基因序列中的碱基突变均为C与T碱基之间的转变,且均存在CT、TT和CC三种基因型;ECHS1和ACADL基因的SNPs中均出现了G和A、C和A碱基之间的转变。9个SNPs中,除ACADL基因的g.126 C>A SNP位点中只有AC和CC两个基因型外,其他SNPs均存在一个杂合和两个纯合基因型。3.筛选后的SNP位点与肉质性状及胴体性状关联分析后,在三个基因的突变位点中,除PPARα基因中g.52651 C>T和ACADL基因中g.126 C>A突变位点与肉质性状及胴体性状不存在关联,其他SNPs与肉质性状均存在关联。PPARα基因中,第6个内含子上的5个突变位点g.52569 C>T、g.52638 C>T、g.52721 T>C和g.52562 T>C均与肉质性状以及胴体性状存在关联。ACADL基因中,第1个外显子上的g.88 G>A位点与背膘厚紧密关联。ECHS1基因中,3 prime UTR区上的g.2080 G>A突变位点与大理石纹相关,g.1951 C>A突变位点与剪切力相关,与胴体性状无关联。将SNPs、基因型及三个基因联合分析后,发现性状受不同突变位点的基因型影响,而三个基因间和不同SNPs间不存在联系。本研究从脂质代谢角度挖掘相关基因及其SNPs,为其他脂肪调控因子的研究提供更多思考。综上所述,脂肪代谢中PPARα、ACADL和ECHS1三个基因为下调基因,PPARα基因中存在4个SNPs位点与肉质性状及胴体性状紧密关联,具有良好的遗传潜力。ACADL基因中g.88 G>A位点与背膘厚紧密关联,可进一步深入研究。ECHS1基因中g.2080 G>A位点与大理石纹相关,且具有良好的遗传潜力,g.1951 C>A SNP位点与剪切力相关,其研究可依情况进行。
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