绒螯蟹，又称河蟹，是我国重要的经济蟹类，主要分布在我国北起鸭绿江，南抵南流江的各通海江河以及湖泊之中，其中尤以生活在长江的河蟹品质为最佳。本文联合来自线粒体细胞色素b基因(Cyt b)全序列与5个微卫星多态性座位的分子遗传信息，通过对我国大陆北起鸭绿江、南抵湛江青年河的8条水系(河流)的254只绒螯蟹的种群遗传分析，探讨中国大陆绒螯蟹种群遗传多样性的分化格局及其历史演化。 基于线粒体与微卫星数据进行的系统发生分析、中接网络分析、因子相关分析与种群亚分化的贝叶斯分析，都支持中国大陆绒螯蟹分为中华亚种(sinensisclade)和合浦亚种(hepuensis clade)两个亚种，二者的分歧时间大约是第三纪中新世的中期。种群遗传变异分析显示，分布在中国大陆各水系的绒螯蟹种群，已经由于地理距离产生了种群分化，但彼此之间依然存在一定的基因交流，这种交流的主要贡献源于雄蟹的迁移。两亚种种群与长江种群都在据今0.07～0.1百万年的晚更新世中期(里斯-武木间冰期)发生了扩张：鸭绿江种群的扩张发生在距今7,700～9，800年的早全新世。这两个时期的气候都温和湿润，很可能为绒螯蟹种群的扩张提供了适宜的条件。提示绒螯蟹种群历史动态，如种群历史上的扩张，反映了我国地质历史时期的气候变化。 分析鸭绿江种群的遗传结构，发现该种群母系全部为中华单元型而父系体现较多的南方种群遗传信息，推测这种种群结构的形成很可能因人工引种，或合浦亚种种群在历史上向北方水系发生扩张所致。 长江水系绒螯蟹优质的河蟹资源，由于盲目引种和过度开发等原因，发生了种质资源混杂的现象。寻找准确便捷的分子鉴定标记，对绒螯蟹种质资源的保护具有重要的意义。基于对种群遗传多样性、基因流、种群扩张历史等的分析结果，初步探讨了长江水系作为优质的河蟹种质资源库所具有的历史渊源，并针对现有种群的混杂状况，就长江水系种质资源的保护提出建议。同时，尝试统计可以鉴别两亚种种群，以及鉴别长江河蟹的微卫星位点，探讨微卫星标记在河蟹种质资源鉴定中的应用潜力。