本文采用理论分析、实证分析、定性分析、定量分析相结合的方法，对农业科技创新能力内涵及构成要素、农业科技创新能力综合评价指标体系建立等内容进行了系统阐述和分析，并分别以农业部属三院科研机构及全国六大区域为评价对象进行实证研究，验证了指标体系的可行性。首先，在系统分析创新理论发展及农业科技创新内涵的基础上，界定了农业科技创新能力的涵义，提出农业科技创新能力是多个科技能力要素彼此匹配、相互作用的结果，并根据其涵义与特征初步确定农业科技创新能力由四个能力要素子系统，即农业科技创新人力资源能力子系统、农业科技创新基础能力子系统、农业科技创新成果产出能力子系统及农业科技创新成果转化能力子系统构成。其次，依据以上分析以及综合评价指标体系的设立原则，参照多套相关指标体系，经过比较、筛选、调整和系统整合，从不同侧面设计和选取了最能反映农业科技创新本质、实力现状和发展潜力的不同层次的多个指标，最终构建了三层次的综合评价指标体系理论结构框架。第三，根据所建立的农业科技创新能力综合评价指标体系理论结构框架进一步筛选出更具操作性的量化评价指标体系，最终形成了由1个总指标、4个一级能力指标、10个二级项目指标及30个三级计算指标构成的农业科技创新能力综合评价指标体系，并确定指标权重、建立综合评价模型，进一步完善农业科技创新能力综合评价指标体系。最后，运用本研究建立的综合评价指标体系对我国部属三院农业科研机构和六个地区的农业科技创新能力进行了综合评价和分析，其综合评价结果与现实状况较为一致，能够比较客观地反映被评价对象的农业科技创新能力的现状，验证了综合评价指标体系的可行性，同时，评价结果也为采取正确的对策和措施以提高被评价对象的农业科技创新能力提供必要的依据和支撑。