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目前,烟叶生产中因连续过量施用化肥和单一连作模式引发的土壤退化问题已严重影响了湖北烟区优质烟叶的生产。施用有机肥在提高土壤肥力和作物产质量方面成效显著,但不同来源有机物料在生产过程、元素组成和养分含量等方面均存在明显差异,因此效果也有所不同。为此,本文以布置在湖北省恩施州利川市柏杨镇的长期有机肥定位试验（2013—2020）为基础,以常规化肥（CK）为对照,研究了3种有机肥（商品有机肥（CFM1）、农家肥（CFM2）和绿肥（CFM3））施用对土壤物理、化学和生物性质的影响,以期为湖北省植烟土壤保育提供技术支撑。主要研究结果如下:1.长期施用商品有机肥显著提升了土壤p H值,降低土壤容重,提高团聚体稳定性。3种有机肥处理碱解氮含量较常规化肥处理相当,速效钾含量提高了8.8%～14.2%。商品有机肥和绿肥处理速效磷含量较常规化肥处理降低了20.1%和14.6%,农家肥处理与常规化肥处理相当。各处理速效钾和速效磷含量随定位年限延长逐渐上升。2.商品有机肥和农家肥处理土壤有机质含量在定位年限内呈上升趋势,分别比常规化肥提高了4.4%和4.0%,绿肥处理有机质含量与常规化肥处理相当。农家肥处理土壤微生物生物量碳（MBC）和活性有机碳（LOC）含量显著提高了21.0%和14.1%;施用商品有机肥还显著提高了土壤中、高活性有机碳（MLOC、HLOC）的含量;3种有机肥均促进土壤腐殖质（HE）的积累,含量比CK高出7.0%～28.9%。与绿肥相比,商品有机肥和农家肥也有利于土壤胡敏酸（HA）的积累。胡敏酸FTIR谱图表明施有机肥增加了胡敏酸芳香族物质,有利于胡敏酸结构的稳定。3.与常规化肥相比,3种有机肥均显著提高了土壤氨基糖态氮的含量,商品有机肥还显著增加了土壤酸解铵态氮和氨基酸态氮含量,农家肥显著增加了氨基酸态氮含量。土壤总有机氮占全氮的比例为73.3%～82.5%,商品有机肥和农家肥占比低于常规化肥处理,主要由酸解未知态氮占比下降导致。4.从烤烟伸根期到采收后,微生物碳源利用能力呈现先升高后降低的趋势。与常规化肥相比,商品有机肥和农家肥在烤烟伸根期的碳源利用能力（AWCD）分别提高了22.0%和31.0%,Mclntosh多样性指数显著提高15.2%和18.0%。旺长期商品有机肥处理AWCD值和多样性指数均显著高于其他处理。相关性分析表明土壤微生物活性和功能多样性与p H值显著正相关,速效钾含量、中高活性有机质、酸解铵态氮和氨基酸态氮也与微生物功能多样性显著正相关。5.16S r RNA测序分析表明施用商品有机肥和农家肥有利于提高土壤细菌多样性和丰富度,3种有机肥处理土壤细菌群落组成不同。商品有机肥显著增加Gemmatimonas、Arthrobacter、Nitrolancea、Sphingomonas等细菌相对丰度,农家肥显著增加Gemmatimonas相对丰度,化肥和绿肥处理显著增加Chujaibacter、Rhodanobacter、Bryobacter、Acidothermus等细菌相对丰度。相关性网络分析发现这些细菌为微生物网络中的关键物种,并且商品有机肥和绿肥处理微生物网络更紧密稳定。6.3种有机肥处理均增加了烟叶产量（11.2%～13.1%）,其中商品有机肥处理产量最高;产值较常规化肥处理平均增加了5.4%～12.5%,以农家肥处理产值最高。综上所述,商品有机肥具有更好的提升土壤肥力,改善微生物群落的效果,因此推荐化肥配施商品有机肥为本区域植烟土壤保育的主要施肥措施。