在学术领域，董辅礽教授最重要的理论贡献是在20世纪70年代末中国改革开放初始，率先挑战所有制理论禁区，提出了所有制改革问题，并随着时间的推移逐步形成了一个较完整的理论体系，对推进中国的经济改革产生了重大影响。他深入地研究了经济运行机制与所有制的关系，提出不改革所有制，经济运行机制的改革不会成功，确立了所有制改革的地位的理论。他透彻地分析了经济体制改革的目标即通向市场经济，并把社会主义市场经济的性质概括为社会公平和市场效率的结合。关于所有制改革的形式和内容，则主要包括多种所有制共同发展和国有企业改革的问题。在这个创新的所有制改革理论体系中，还包含了其他相关的观点，包括证券、期货在内的资本市场建设方面的观点都是围绕他的所有制改革理论贯通展开的。这些理论，当今几乎都成为政府的文件语言，但在70年代末、80年代初，要提出它，却需要有超常的理论勇气。此外，董辅礽教授从我国的具体情况出发，立足于制度因素，把经济发展战略和经济体制改革有机地结合起来，提出了一整套国民经济发展的新思想，如：要转变经济发展战略、发展农村非农产业来改变二元经济结构、要超越梯度发展、加快中西部开发等一系列发展理论，对我国发展战略及政策的重大调整起了理论先导的作用。