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十二指肠贾第虫(Giardia duodenalis)和隐孢子虫(Cryptosporidium)是两种重要的人兽共患肠道原虫,其宿主范围十分广泛,可感染包括人在内的多种动物,引起人和动物的慢性腹泻和肠道应激综合征,对动物的生长发育产生不良影响,给养殖业造成严重的经济损失。羊是我国重要的经济动物,目前国外已有许多关于羊感染Giardia duodenalis和Cryptosporidium的报道,但国内的研究很少,而四川地区尚未见到关于山羊Giardia duodenalis与Cryptosporidium的感染调查和基因分型研究。本研究对四川省部分地区不同养殖模式下成年山羊Giardia duodenalis和Cryptosporidium的感染情况以及基因型进行分析,为四川地区山羊隐孢子虫病和贾第虫病的防控提供基础数据。本试验于2017年6月至2017年11月于四川部分地区采集15个养殖场(7个规模化养殖场与8个散养场)共364份圈养成年山羊(18-24月龄)粪便样品,提取DNA,然后通过巢式PCR扩增Giardia duodenalis的β-giardin(bg)基因、tpi及gdh基因和Cryptosporidium的18S rRNA基因,扩增产物测序并进行系统进化树分析,获得以下结果:1、成年山羊Giardia duodenalis总感染率为15.1%(55/364),不同地区成年山羊Giardia duodenalis感染率存在极显著显著(P<0.01),规模化养殖场感染率为22.4%,散养场感染率为8.4%,不同养殖模式下的感染率差异显著(P<0.05),;序列分析与系统进化树分析表明,此次成年山羊感染的Giardia duodenalis基因型均为集聚体E,其中在bg、tpi和gdh三个基因位点分别成功鉴定出4(E5、E8、E17和E18),2(E2和E4),2(E3和E4)种基因亚型,并且在bg位点发现2种新基因亚型(E17和E18);对bg、tpi和gdh采用多位点序列分型(MLG)表明,共有31株分离株在3个位点均扩增成功,形成3个新的MLG亚型(MLG-E1,E2,E3(sc))。2、成年山羊Cryptosporidium的总感染率为4.9%(18/364),6个感染Cryptosporidium的养殖场均为散养模式养殖场,分析表明不同地区和不同养殖模式下成年山羊Cryptosporidium感染率存在极显著差异(P<0.01);序列分析与系统进化树分析表明,感染的Cryptosporidium虫种类型为C.xiaoi和C.suis,并以C.xiaoi为主;本次试验首次在成年山羊中检出C.suis虫种,进一步扩大了该虫种的宿主范围。综上所述,被调查地区成年山羊存在Giardia duodenalis和Cryptosporidium感染,不同养殖模式下Giardia duodenalis和Cryptosporidium的感染率均存在显著差异。成年山羊感染的Giardia duodenalis基因型为集聚体E,且在bg位点检测到2种新基因亚型(E17和E18);成年山羊感染Cryptosporidium虫种为C.xiaoi和C.suis(具有人兽共患性);首次在山羊上检出的C.suis虫种进一步扩大了该虫种的宿主范围。