基于转录组测序分析千里光差异抗菌特性

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目的:抗菌性是我国传统中草药千里光的重要药理作用,与其中主要活性成分具有密切的关系。本研究通过对2份抗菌性显著差异千里光材料中主要活性成分组成、含量与抗菌性的比较,并结合高通量转录组数据进行差异表达基因生物信息学结果分析千里光抗菌性状形成机制。方法:(1)通过平皿打孔法验证千里光的60%乙醇提取液对8种常见致病菌的抑菌效果,测量统计两个千里光株系抑菌圈大小进行抗菌性差异比较;高效液相色谱法对千里光醇提总成分的分析,建立黄酮与总酚标准品的标准曲线,测量计算受试材料中黄酮与总酚的含量;(2)通过Illumina HiSeq~TMM 2500平台进行2个差异抗菌性千里光主要入药部分全组织器官的转录测序,将拼接的转录组Unigenes比对到各数据库进行功能注释分析,利用高通量转录组测序结果筛选出差异表达基因,再根据这些差异表达基因的蛋白质功能富集分析,结合文献,挑选出影响抗菌成分的主要代谢通路;(3)萃取分离千里光中的总黄酮,HPLC法对2份千里光的总黄酮成分种类及含量进行比较,以此千里光总黄酮成分进行抗菌实验,分析验证总黄酮的抗菌性。结果:1抗菌性差异千里光筛选与主要成分含量比较千里光32号与35号60%乙醇提取液对8种受试细菌均具有抗性,且32号千里光的抑菌圈显著大于35号植株,是具有显著抗菌性差异的抗菌材料;HPLC检测醇提产物表明两个千里光株系的化合物紫外吸收峰基本一致,且峰值上32号植株显著高于35号植株;对千里光中主要抗菌成分黄酮及酚类化合物的含量检测表明,32号、35号的黄酮含量分别为:64.77 mg/mL、32.55 mg/mL;32号、35号的总酚含量分别为:4.172 mg/g、1.048 mg/g。32号植株的黄酮与总酚含量均显著高于35号植株。2千里光转录组测序与分析两个株系的千里光共有61,171个Unigene被GO数据库进行功能分类,其中细胞组分有17个功能分类;分子功能有16个功能分类;生物过程有20个功能分类。共有489个DEG被KEGG注释到50个pathway,其中氨基酸的生物合成最多,包含有35个,其次是碳代谢均有34个、苯丙烷类生物合成26个等pathway;比较35号与32号千里光高通量转录组测序数据,得到差异表达基因2,380个,其中上调基因共有560个(32号中差异表达基因表达量高于35号),下调基因共有1,820个(32号中差异表达基因表达量低于35号);与抗菌活性成分相关的次生代谢途径分析表明,黄酮合成代谢途径、苯丙烷代谢途径的关键基因在两个材料中均有显著差异表达,表明黄酮类化合物、酚酸类化合物在两个材料中的差异积累与其关键基因差异表达有关,可能是2个千里光材料差异抗菌性形成的首要原因。3千里光黄酮类化合物抗菌性及HPLC分析以黄酮类代表化合物金丝桃苷、槲皮素为标品比较千里光萃取液中总黄酮的组成与含量表明,32号千里光总黄酮类化合物峰面积高于35号株系,但在紫外峰的出峰时间上无明显差异,表明二者的黄酮成分含量上有差异,组成上并无太大差别。比较总黄酮萃取液抑菌实验,发现千里光总黄酮萃取液对8种受试菌具有一定抑菌效果,且低于醇提液,在抑菌效果趋势上除大肠杆菌,鼠沙门伤寒杆菌外的6种细菌的抗菌效果与总醇液一致。结论:千里光高抗菌性株系32号主要的抗菌活性成分黄酮、总酚化合物总量高于35号,在转录组测序的差异表达基因也表明与这两类化合物相关的代谢途径关键基因的表达量32号高于35号,表明是千里光的抗菌性状与此类化合物的含量具有密切关系。黄酮类化合物的抑菌效果并不与总醇提液完全一致,表明千里光抗菌性的组成的多样性与作用机制的多样性。
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