在经济全球化的趋势下,依托双边和多变联合资助机制,越来越多国家鼓励本国科研机构和科研人员参与到国际合作。多方面因素带动全球科研合作的范围和深度不断拓展,导致合著论文的数量呈现出爆发式的增长,这为学术大数据的研究奠定了基础。在这样的大背景下,当评估一个国家的科研生产力和影响力时,如何把合著论文分配到不同的国家,并在此基础上计算其科研水平已经成为学术大数据研究的一个重要问题。然而受限于评估本身的局限性,没有一项体系能够对评估对象进行圆满的评估,科研评估也不例外。在当前的学术环境与科研评估体系或模式中,以论文数量和引文数量作为主要的量化指标的科研排名结果逐渐成为学术领域各类评价与考核、科研系列人员聘用与晋升、政府部门制定科技、教育发展战略的有力的决策依据。更重要的是,论文的国家分配不仅仅与计数方法有关,更涉及到实际的应用,而现有的计数方法得到的结果不足以解决论文的国家分配问题。与此同时,论文作为科研基金项目重要资助的成果之一,在科研基金的最终结题汇报时,每个科研基金都可以声称资助了这篇论文。但是一篇论文可能会受到多个不同的基金资助,这就意味着计数方法同时也对基金产出有着重要的影响。为了解决上述问题,本文使用Web of Science（WOS）数据库的大规模文献数据,通过适当的数据预处理工作以及合理的测量指标,旨在解决论文的国家分配、计数方法的选择以及基金产出等问题,为更准确的反应评估对象的真实水平和更加科学地开展科研评估工作提供相关理论基础以及方法论支撑。研究发现:（1）在国家层面的科研评估中,计数方法的选择对国家科研产出和科研影响力的排名的影响并不是很大。但是在机构层面的科研评估中,计数方法对排名在中间的机构影响较大,而对排名靠前或者靠后的机构影响相对较小。但是不管是在国家层面还是机构层面,完全计数法对科研影响力（引文数量）的影响是要远远大于对科研产出（论文数量）的影响。通过使用计数膨胀系数进一步衡量不同计数方法对科研表现作用时,发现完全计数方有着放大的科研表现作用,并且完全计数法有着一定的偏向,往往对国际科研合作程度高的国家有利,对那些国际科研合作程度低的国家是不利的。尽管目前在学术界完全计数方法比较流行,但是却不是最好的计数方法,为了保证评估结果的合理性与准确性,更建议使用直接计数和分数计数法。（2）我们通过基于一个新的度量指标深入分析了论文的第一地址与通讯地址的关系,以解决论文的分配问题。第一地址与通讯地址在国家层面上高度一致,平均相似度超过98%。然而,在机构层面的相似度要低得多,并且随时间和国家的不同而变化很大。因此,在国家层面的评估中,使用第一地址与通讯地址得到的结果几乎是相同的。但当机构成为研究的焦点时,在选择所属机构时可能需要采取更多的谨慎态度。同时,我们发现WOS数据库中记录的相应信息自2013年以来发生了一些变化,这对于未来不同数据库的比较或WOS的关联准确性的研究具有一定的指导意义。（3）在关于资金资助的研究上,不管是中国国家自然科学基金（NSFC）还是美国国家科学基金会（NSF）,资助的论文数量呈逐年上升趋势,但是NSFC资助的论文数量的增长速度是明显高于NSF,中国的论文数量增长早已得到了众多科研评估机构的公认。随着时间的增加,NSF和NSFC的膨胀系数是逐年上升的,即一篇论文受到不同基金的资助的数量也在增加,“一文多注”现象也在逐年上升。“一文多注”情况呈现出较为明显的学科领域差异,不管是中国还是美国,自然科学更容易申请到科研基金的资助,而对于像社会科学、商务管理等领域申请到科研基金资助的难度较大。