控股股东的目标函数和中小股东的目标函数的不一致，经常会导致控股股东与中小股东之间严重的利益冲突。在缺乏外部监督或者股权分散化的情况下，控股股东以牺牲中小股东的利益为代价来追求自身利益。如何通过改善公司治理结构，扼制大股东侵害中小股东的行为成为目前需要解决的重要问题。本文以大股东与上市公司关联交易为研究对象，目的是为了揭示股权结构与大股东利益流动方式的关联关系，以寻求改善公司治理、保护中小股东利益的可行途径。本文的结论和贡献主要体现在以下三个方面：第一，本文以沪市A股市场非金融类上市公司在2003年至2005年间发生关联交易的705家公司为样本，从大股东与上市公司之间利益的双向流动的新视角分别研究了不同股权结构与大股东利益流动方式之间的关联关系，研究结果表明：第一大大股东持股比例与大股东向上市公司输入利益之间没有相关关系，即股权结构与大股东利益流向上市公司之间没有必然联系；第一大股东持股比例与利益从上市公司流向大股东之间存在相关关系，即存在大股东从上市公司攫取利益的现象。并且通过数据分析发现，当第一大股东持股比例低于50％时，第一大股东持股比例与利益流动之间的存在弱相关关系；当第一大股东持股比例大于50％时，第一大股东持股比例与利益流向大股东之间存在较强的相关关系。第二，本文通过单因素和多因素分析发现，大股东有从上市公司攫取利益，侵害中小股东利益的行为倾向，并且随着第一大股东持股比例的增加这种行为倾向越明显。第二至第五大股东持股比例的增大可以在一定程度上遏制大股东侵占公司利益的行为，对保护中小股东利益起到一定的作用。同时随着公司净资产收益率的提高，大股东侵占公司利益会增加。第三，本文通过理论分析和实证检验可以得出，大股东有利益输出、侵害其他中小股东利益的倾向。我们认为建立相互制衡的股权结构，加强公司内部控制制度建设，完善独立董事制度等是改善公司治理、保护中小股东利益的可行途径。