柑橘黄龙病（Citrus Huanglongbing,HLB）是柑橘生产上最为严重的病害。柑橘黄龙病病原归属于候选的韧皮部杆菌属（Candidatus Liberibacter）,目前有三个种:亚洲种（"Ca.L.asiaticus",CLas）、非洲种（"Ca.L.africanus",CLaf）和美洲种（"Ca.L.americus",CLam）,我国分布的为亚洲种。黄龙病在我国已有百年流行历史,其病原的多样性较为丰富,但近年我国黄龙病菌的种内遗传结构研究多限于单基因单位点。为了探究我国南方省份不同地区柑橘黄龙病菌的种内遗传结构及遗传多样性情况,同时评价用多种基因位点分析特定物种遗传多样性的科学性,本文通过基于原噬菌体区域（SC1＿gp045、SC2＿gp035和PJXGC）、转座子位点（CLIBASIA＿05620～CLIBASIA＿05625）和短串联重复序列STR1和STR12（CLIBASIA＿03080和CLIBASIA＿01215）三种基因水平上具有多态性的不同基因位点,对来自我国9个省（自治区）的669个柑橘黄龙病样品进行HLB病原菌种群多样性的研究。主要研究结果如下:1.首次使用原噬菌体区域、转座子位点、短串联重复序列三种不同位点相结合的方法,来分析我国不同地理来源的柑橘黄龙病病原菌的种群多样性,不同位点之间的多样性有很大差异,本研究结果表明多种基因位点的多样性分析结果与单个基因位点的分析结果不尽相同。2.分析来自9省（自治区）40个市（县）的669个黄龙病样品的遗传多样性结果表明,基于不同位点的我国南方省份CLas种群具有不同的优势群体:基于噬菌体类型共鉴定出8种类型菌株,携带Type 2类型原噬菌体菌株为优势种群（占67.41%）;基于转座子位点共鉴定出4种类型菌株,含有缺失MCLas-A类型转座子的B350片段的菌株为优势种群（占70.40%）;基于短串联重复序列STR1和STR12分别鉴定出10种和30种类型菌株,且STR1位点上条带“2”（TRN=3）的菌株为优势种群（57.55%）,STR12位点上没有最为明显的优势菌株,菌株类型多样;然而,这三种优势种群的匹配度高达74.72%。3.聚类分析表明我国南方地区的CLas种群可分为两大组,即I组（广东、广西、湖南、福建、江西、海南和浙江）、II组（云南和贵州）。基于不同位点的聚类结果略有不同,但老病区广东和广西的菌株始终聚为一组,而较高海拔的云贵地区和其他省份的菌株具有较远的遗传距离。4.对来自广东省8个市（县）的178个黄龙病样品进行了病原菌遗传多样性分析,结果表明,基于噬菌体类型鉴定出6种类型菌株,其中携带Type 2类型原噬菌体菌株为优势种群（占86.52%）;基于转座子位点鉴定出4种类型菌株,含有缺失MCLas-A类型转座子的B350片段的菌株为优势种群（占73.60%）;基于短串联重复序列STR1和STR12分别鉴定出9种和17种类型菌株,且STR1位点上条带“2”（TRN=3）的菌株为优势种群（占59.60%）;STR12位点上菌株类型较为多样。聚类分析可见茂名的菌株与其它地区的菌株遗传距离较远,清远和梅州的黄龙病菌基于这些基因的分子关系则较近。5.广东省的菌株基于所有4个位点总的聚类结果与基于各个位点的均不相同,表明基因水平的遗传多样性较为复杂。综上所述,通过多个位点同时对CLas样品进行分析,评估我国柑橘黄龙病病原菌在各地的种群多样性,初步探明我国CLas种群的分子结构特征,也为黄龙病的流行传播趋势提供一定的分子依据。