本课题针对传支病毒S基因的高变性，参考genebank已发表的IBV纤突蛋白基因序列，设计了三对引物，对鸡传染性支气管炎病毒黑龙江肾型分离株MG/MK/K和澳大利亚标准株Υ株RNA进行RT-PCR扩增，并将扩增后得到的PCR产物克隆入pMD-18T克隆载体中进行序列测定和分析。结果显示为IBVS基因。测序分析显示，S基因的核苷酸全长为3498bp，编码一条由1166个氨基酸组成的多肽，S1基因是IBV的高变区序列，S2基因相对比较保守，3端核苷酸相对于5端保守，与网上报道的相一致。地方分离株MG株、MK株、K株分别和标准株T株比较，其同源性分别为89.2％、91.9％和91.4％。而MG和MK株的同源性为96.4％，MG和K株的同源性为95.7％，MK和K株的同源性为99.3％。地方分离株的亲缘关系较近，而和T株的亲缘关系较远。MK和K株还可能是由同一株病毒变异而来，或者是同一株病毒在传代的过程中发生了点突变造成的。S基因的克隆与测序添补了国内在IBV序列数据上的不足，为应用地方分离株制造疫苗奠定了基础，使控制和消灭黑龙江省地区鸡传染性支气管炎成为可能。