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随着全球经济一体化、信息技术产业和互联网技术的迅猛发展，跨境电子商务、市场采购贸易等新兴业态不断涌现，且成长快、发展好，显示出勃勃生机。作为政府职能部门之一的出入境检验检疫机构，针对传统进出口贸易的监管方式对于新兴业态已经不再适用。本文通过分析我国跨境电子商务中的出入境检验检疫现状，对比美国、欧洲、日本等发达国家跨境电子商务中的出入境检验检疫的做法，找出我国跨境电子商务出入境检验检疫中存在的问题并分析原因，最后结合跨境电子商务的特点，在当前继续深化改革和政府简政放权的大背景下，提出对跨境电子商务出入境检验检疫的建议。