杭州地区宠物市场已具备一定规模,为探寻杭州地区犬、猫肠道病原菌种类和耐药细菌背景,本研究以浙江大学动物科学学院附属动物医院为主要样本收集地,系统开展犬、猫肠道细菌携带情况和相关耐药性的流行病学调查研究。主要从消化道疾病的犬、猫肠道收集菌株样本进行分离鉴定,再用临床常见抗菌药进行最小抑菌浓度测定,来获得的肠球菌株的耐药性,并对其进行耐药特点的归类,随后通过基因分析来分析讨论菌株的耐药基因、携带质粒和临床表型之间的关系,以及菌株之间存在的相互亲缘关系。1.犬、猫肠道菌株分离和鉴定:本研究于2019年1月-12月间收集的犬、猫肠道样品169例,包括9种不同品种的猫肠道样品54例;20种不同品种的犬肠道样品115例,共获得1108株细菌分离株。各菌株经飞行质谱法测序鉴定,分离率最高的菌种为肠球菌（355,32.04%）、大肠杆菌（305,27.53%）;统计结果表明:从不同性别、年龄和体况的犬、猫肠道分离的菌株,其组成结构相似且稳定,优势菌群为肠球菌和肠杆菌。2.肠球菌耐药问题的研究分析:本研究分离挑选得到310株肠球菌,对肠球菌分离株进行8种常用药物的最小抑菌浓度检测试验。结果显示犬、猫源肠球菌分离株对四环素（82.58%）、呋喃妥因（40.97%）、庆大霉素（48.06%）、环丙沙星（36.13%）、氯霉素（29.36%）等药物高度耐药;肠球菌株的耐药性与犬、猫种类、体况、用药史具有一定的相关性。来源于犬肠道的分离株耐药率相对更高。整体结果贴合我院用药习惯。3.多重耐药肠球菌的全基因组测序分析:本研究筛选16株对所选药物表现为高度耐药的肠球菌株,对16株菌进行全基因组测序、生物信息学分析,共获得ST18、ST25、ST80和ST202这四种ST型,部分ST型由犬特异性携带（ST18、ST25、ST202）,ST80型由犬、猫共同携带,耐药表型与菌株所属ST型之间存在相关性。对耐药基因进行统计后发现,肠球菌基因型一定程度上代表菌株的耐药性趋势,具体表型和携带耐药基因具有高度相关性。但耐药性还受质粒等其他客观因素的影响,例如部分ST型携带氨基糖苷类相关耐药质粒pUB110,万古霉素耐药相关质粒pRUM和pRI1。部分高耐药菌株为ST18型,和人类密切相关。本研究发现杭州地区犬、猫肠道来源的肠球菌具有较高的耐药性,存在抗生素用药史的菌株在一定程度上表现出较高的耐药性,提示临床诊疗过程中应谨慎选择抗生素,有必要关注兽医临床合理用药。部分菌株来源于常见的人类谱系,应警惕耐药菌在人与犬、猫之间相互传播。本研究对于探究杭州地区犬、猫携带病原谱系、耐药菌株遗传背景与耐药谱构成等信息具有一定参考意义。