基于转录组数据分析重编程睾丸间质细胞的命运抉择

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目的:深入了解以转录因子组合或小分子化合物组合对胚胎成纤维细胞重编程为睾丸间质细胞命运的抉择作用及其可能的分子机制,为日后获得更具基础研究和临床应用价值的成体细胞重编程睾丸间质细胞提供理论依据及方法。方法:从美国国立生物信息中心下载RNA-Seq数据集(GSE87020、GSE145797),对下载原始数据进行筛选及均一化处理,然后分别对转录因子组合诱导组(transcription factor induced Leydig cell,Ti LC)和小分子化合物诱导组(chemically induced Leydig cell,Ci LC)中样本数据进行整体基因表达水平间的相似性分析、差异表达基因筛选、GO注释及富集、KEGG通路富集分析。此外,对细胞中所有转录因子的表达量也进行通路富集分析。结果:转录组数据显示,不同种小鼠其胚胎成纤维细胞表达的基因情况有所不同。与C57BL/7种小鼠相比,昆明种小鼠成纤维细胞表达细胞外基质更多,而间质细胞分化及性腺发育方面的基因表达水平更低。转录因子组合以及小分子化合物组合均能诱导成纤维细胞发生转分化,然而,在转分化水平上,转录因子组合获得的效果更优,其中有几种关键基因的表达量,如Mrpl36、Rchy1、Atp5b、N4bp1、Lcn2、Adh1、Mrap等,与野生型睾丸间质细胞中的水平相当。Wikipath分析显示,包括Cox2等58种转录因子被激活,而这些因子也都集中在胆固醇通路、脂质代谢、胰岛素通路等,表明转录因子组合可以直接激活睾丸间质细胞发育分化及雄激素合成功能。小分子化合物组合也能激活多种转录因子,其中包括MEF2/NR4A1通路,这些转录因子与睾丸间质细胞雄激素合成通路关键酶表达密切相关。结论:与野生型睾丸间质细胞(Leydig cell,LC)相比,Ti LC、Ci LC整体基因表达谱依然与MEF相似;GO功能注释和通路富集显示,转录因子组合更能促进MEF转分化为类睾丸间质细胞;与Ci LC相比,Ti LC具有更多与野生型LC相似表达量的转录因子,且表达趋势为单向;小分子化合物组合诱导MEF向睾丸间质细胞转分化过程中,转录因子的表达趋势双向发展;因此,在胚胎成纤维细胞转分化为睾丸间质细胞命运过程中,转录因子组合抉择能力优于小分子化合物组合;而在转录因子及雄激素合成关键酶表达情况方面,MEF
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