股份合作公司是深圳市实行全面城市化的产物。时至2019年,深圳市存有股份合作公司一千余家,这关系到深圳市的经济命脉和未来的城市化发展。商学界与法学界对集体经济以及公司法的研究颇为丰富,但对股份合作公司这一特殊公司形式的研究却寥若晨星。股份合作公司中存在的与社区过度关联、治理能力匮乏等问题长期以来没有得到有效解决。在国家积极提升营商环境的时代背景之下,股份合作公司的改革势在必行。深圳市人大常委会在2019年第三次修改《深圳经济特区股份合作公司条例》。基于现行立法完善与营商环境提升的需要,对股份合作公司制度施行过程中遇到的主体定位、制度困境、发展路径等问题进行研究具有重要意义。本文除引言外,主要从股份合作公司制度的兴起与界定、股份合作公司的法律渊源、股份合作公司制度的缺陷与成因、股份合作公司制度的完善与发展四个角度展开讨论。首先,分析股份合作公司的产生与三十年余来的制度变迁,从而明确所研究的主体及其法律层面的特殊性。学界对股份合作制的研究始于三十年前,然而,时至今日对股份合作制的定义仍没有共识。目前学界对股份合作制的定义主要有四种观点。股份合作公司同时具有传统集体经济的封闭性、经典合作经济的合作性与现代股份制经济的资合性,故基于股份合作制的特殊性与创新性,将股份合作制视为一种介于这三种制度之间的独特的经济组织形式更贴合其制度本意。股份合作公司制度最早在深圳产生,深圳也是其主要的制度发展场域。经过近三十年的制度改革,现今股份合作公司以建立现代企业制度作为重要目标。其次,立足于《民法总则》施行之后的民法典时代,分析股份合作公司的法律渊源。通过分析《深圳经济特区股份合作公司条例》内容与三次修订的变化,明晰《深圳经济特区股份合作公司条例》对股份合作公司的立法引导,确认其作为股份合作公司的直接法律依据。通过分析《民法总则》中法人的分类,得出股份合作公司属于特别法人中的农村城镇合作经济组织这一法人类别的结论,从而明确了股份合作公司的民商法主体地位。最后从解释论的角度出发,认为股份合作公司可以参照《公司法》的某些规定,《深圳经济特区股份合作公司条例》的后续修订可考虑“移植”《公司法》中关于股东诉讼、股东知情权等相关制度的规定。再次,系统分析股份合作公司的制度缺陷与成因。第一,股份合作公司与对应社区之间的依赖过度。一方面,过多的社区管理职能给股份合作公司造成额外经济负担;另一方面,集体股的设置没能实现集体资产的积累与利用。第二,股份合作公司经营中企业自主决策能力受限的现象愈发突出。《深圳经济特区股份合作公司条例（2019）》明确表示政府设立市、区、街道共三级人民政府股份合作公司监督管理部门,且对其各自的职责范围进行了详细的规定,这极有可能导致公司决策需要大量的审批环节并涉及多重的风险防范。第三,股份合作公司自身的治理模式有诸多缺点,大部分股份合作公司的租金收入可达到公司总收入的80%,使得公司的盈利方式一元化,产业结构则趋于单一化。股份合作公司天然的排外性与维护人才资源付出成本的低廉,使得公司的高端管理层难有新鲜血液。独特的股权结构也极大地磨灭了股东行使表决权的积极性。最后,深入研究股份合作公司制度的完善路径与发展方向。上述制度缺陷极大地限制了股份合作公司的发展,公司与社区的过度关联使公司承担了沉重的公共管理职能,企业自主权的受限影响了公司的自由决策,公司运营能力的匮乏使得公司的发展前景令人堪忧。在股份合作制基础不改变的前提下,通过股权改革、引进外来经营人才等方式向现代企业制度靠近,不失是一种现实的发展选择。从长远来看,囿于股份合作公司与现代企业制度之间的巨大矛盾,股份合作公司的改革终点应该是彻底的“去合作化”,并最终实现向有限责任公司或股份有限公司的转变。该过程需要以中短期的淡化合作化阶段作为过渡,再逐步通过土地产权改革等方式,在中长期的改革实践中去实现“去合作化”之目标。