改革开放以来,我国工业化和城市化的高速发展取得了举世瞩目的经济效益,然而,发展初期以经济增长为核心的粗放型增长,也引发了严重的污染问题。面对跨领域、跨区域、跨部门的错综复杂的水污染治理问题,囿于水污染的外部性和我国行政体制的分割性之间的矛盾,科层治理和市场机制并不能解决实际问题,水污染问题依旧频频发生。在这种背景下,人们倡导用跨域合作的方式突破我国行政体制的条块分割,实现高效率的协调共治。我国正在积极探跨域治理的体系建构,虽然已经陆续出现了“珠三角”、“长三角”以及“河长制”等跨域治理实践,但常态性、持续性、规范性的合作机制尚未形成。所以,探索我国地方政府跨域合作机制的构建已经成为政府治理的重要议题。通过整理国内外有关水污染防治、整体性治理、跨域环境治理等方面的文献及政府工作报道,获得对跨域治理理论、水污染环境充分的理解与认知,并梳理了我国水污染治理的演进脉络,将其分为制度缺位、分级分部治理以及跨域综合治理三个治理阶段。同时,基于2016年底针对江苏省河长制运行情况的问卷调查和现场访谈,以跨域治理为视角,探索在落实过程中的具体的治理逻辑和组织形式、措施方案、制度设计,从而提炼现行跨域治理措施下水污染治理的经验与不足。基于与国外北美五大湖和日本琵琶湖治理成功经验的纵向比较,分析不同行政体系的国家的治理举措,进而为具体的对策建议找到现实可行的方法。当前,碎片化是我国当前水治理体系的最大难题,这与我国我分级分部的治理体系息息相关。江苏河长制的治理逻辑是将流域治水责任直接分配到具体党政领导,致力于依托党政干部的行政权威与个人能力,破除我国河流管理中存在的“条”与“条”（部门与部门）的矛盾、“块”与“块”（行政区化之间）的矛盾、“条”与“块”（跨区划与跨部门）的矛盾。作为应对水危机的制度创新,河长制取得了一定成效,但它的合作程度必定有限,并没有根本上打破我国多重条块分割的水治理格局。在治理跨区域环境问题中,西方发达国家往往将河湖治理看作一个整体。因此,我国水污染防治是一项复杂的系统性过程,必须构建起制度化、常态化、规范化、可持续的跨域合作治理机制,并形成政府主导,市场调节,社会参与的多层次治理格局。这对实现水环境的可持续发展具有重要意义,同时也能为其他跨域性公共事务的合作治理提供更具普遍意义的经验与借鉴。