产业结构升级是“十四五”开局之年的核心议题,而自贸区作为中国经济发展的助推器,对当地经济有着举足轻重的影响,尤其是负面清单制度的实施,影响着各地产业结构的优化。自2013年上海自贸区率先发布负面清单以来,广东、天津、福建等自贸区相继采用负面清单。截止到2020年9月,中国采用自贸区负面清单的地区达到21个。负面清单对外商准入中的不同行业进行分类说明,这对自贸区的结构升级起着至关重要的作用。上海自贸区的负面清单制度和其他自贸区略有不同,国务院同时发布两份文件,一份适用于其他自贸区,另一份适用于上海。随着时代的变化,负面清单也与时俱进,对外商投资的领域做了进一步的优化。这一举措有利于促进自贸区的结构优化,赋予其新动能,实现产业贸易与经济发展的良性循环机制。本文基于当地产业结构升级的研究视角,以雁行形态论、产业转移理论和全球价值链理论为基础,分析自贸区负面清单与当地产业结构之间的联系机制,并对上海自贸区负面清单进行专门梳理。在理论分析的基础之上,本文对负面清单与自贸区之间的影响机制作了实证分析,同时将上海自贸区作为特例来研究。基于数据的可得性,本文的数据为2008年-2018年已设立自贸区的当地省级数据。本文利用双重差分法与合成控制法对中国自贸区的结构升级进行量化分析,同时对上海自贸区负面清单的政策效应作了合成控制分析。分析结果显示,负面清单制度对产业结构升级的作用显著。根据检验结果,本文进一步提出合理建议,对自贸区的产业结构升级提供借鉴。