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黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus, CMV)是典型的三分体正义单链RNA (Positive sense single-stranded RNA,+ssRNA)病毒,CMV属于雀麦花叶病毒科(Bromoviridae)黄瓜花叶病毒属(Cucumovirus)。本研究对409份病毒病样品进行了CMV的ELISA检测,对部分CMV阳性样品进行了CMV的基因组扩增,并进行了生物信息学分析,得到以下研究结果：1. ELISA检测结果显示全国409份样品中有123个样品为CMV阳性,检出率为30.1%,除了福建省,其它省区均检测CMV的侵染,安徽宣城烟区的26个样品中有19个呈CMV阳性,检出率高达73.1%,最低检出率的辽宁烟区也有11.8%,可见CMV在我国主要烟区分布广泛,危害十分严重。2.11个CMV分离物基因组序列之间两两比对结果显示,分离物11XC02亚组Ⅱ代表株系Q的序列同源性较高,与亚组IA和亚组IB代表株系的同源性较低,而其它10个分离物则与11XC02相反,与亚组Ⅱ株系Q的同源性较低，而与亚组IA和IB的同源性较高,这表明分离物11XC02属于亚组Ⅱ株系,而其它10个分离物属于亚组Ⅰ；从RNA35’UTR结构比较图也能看出,11XC02与亚组Ⅱ株系结构相似,其它10个分离物与亚组IB相似；系统进化关系显示11XC02与CMV亚组Ⅱ株系聚在一组,亲缘关系较近,而其它10个分离物则与亚组IB株系亲缘关系较近,其中CP基因系统进化树显示分离物Shilin和XC09与亚组Ⅱ株系分在一组,较亚组IB亲缘关系更近,这说明分离物Shilin和XC09的CP基因区域可能发生了变异,使得它们的进化关系更加趋近于亚组IA。3.RDP4软件分析显示,本研究中有11个重组事件。3条RNA分子都有重组事件发生,其中RNA1分子的3个重组是亚组IB的组间重组,RNA2分子的2个重组也是亚组IB的组间重组,Shilin和XC09等5个重组分离物的RNA3分子发生6个重组事件,都是亚组队和IB之间的重组,为组间重组,且重组区域包含CP基因区段,而之前的CP基因系统进化关系显示Shilin和XC09的CP基因区域可能发生了变异,两者分析结果一致。