农村存在的许多问题实际上是农村基层组织机构和治理机制弊端的反映,农村的发展在很大程度上取决于农村基层组织和乡村治理结构的改革与完善,改革也必然涉及到农村集体产权制度改革和村民自治制度的完善。农村基层组织具有政治、经济、社会"三合一"的综合性质,村委会与村集体经济组织职能交叉。地方政府与村级组织之间的经济关系主要体现在财权和支出责任的划分上。在现有财税体制和行政管理体制下,农村基层权力行政化,乡镇和行政村的职能难以转化,村组层级的政企分开、政资分离事实上很难做到。在城乡统筹发展的历史进程中,出现干部权力的加强和权力的资本化倾向,干群矛盾有了新的表现形式,构建新型干群关系必须建立权力制衡机制。在新形势下,迫切需要进行农村基层组织与治理机制的创新,要深化行政管理体制和财税体制改革,公共财政应覆盖到行政村一级,政治、经济和社会"三合一"的综合性农村基层组织的解构以及统一规范的农村社区建设应提上政府的议事日程。要界定农村集体经济组织和成员资格,培育各种类型的社会组织来接手乡镇与行政村组织的一些功能,应积极探索将自治功能下沉到村民小组或自然村一级,用新的农村基层治理机制来理顺各方面的利益关系。