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根据2009年和2010年4～10月份对三沙湾海域生态环境调查，共鉴定浮游植物118种，其中硅藻门有36属93种，甲藻门12属25种，主要的优势种为中肋骨条藻（Skeletonema costatttm）、诺氏海链藻（Thalassiosira cordenskiotdi）、具槽直链藻（Melosira sulcata）、旋链角毛藻（Chaetoceros curvisetus）、冕孢角毛藻（Chaetocerossub secttmdus）、柔弱拟菱形藻（Pseudo—nitzschia delicat