松乳菇Lactarius deliciosus是一种对松树的生长具有重大意义的外生菌根真菌,具有很高的经济价值,因无法人工培育,过度的人工采摘造成产地生态的严重破坏。比较中国南方3个省9个不同地区的68个松乳菇的rDNA ITS区碱基序列的差异,以期研究各不同群体的ITS单倍体型多样性,不同地区群体之间的遗传关系,以及遗传分化与地理隔离的关系。遗传分析发现,得到的68个松乳菇样品的ITS序列可认定为7种单倍体型,这些单倍体型聚集为2个不同的系统进化群体,表现出两种不同的系统进化方向。7种单倍体型中,两个主要的单倍体型(Haplotype3和Haplotype6)分别含有34和26个样品,且基本上每个样品采集地都有分布。AMOVA测试中,观察到的总的单倍体型变异频率主要体现在不同地理种群的个体内(84%)。剩下的16%属于不同地理种群间的变异,PhiPT的显著性分析结果p<0.01。Mantel测试显示地理距离与遗传差异FST值没有显著的线性关系(p=0.32)。研究结果说明松乳菇自然种群间有一定程度的基因漂流发生。群体遗传分析还发现在松乳菇自然种群中存在显著遗传分化,但遗传分化程度与地理距离没有显著的线性关系。