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目的了解我国新分离基因Ⅴ型乙脑病毒（XZ0934）与60年前马来亚（马来西亚）分离株（Muar）全基因组分子特征。方法使用ClustalX 2．0．9、DNAStar 7．1、Bioedit 7．2．5、MEGA 6．06等生物学软件系统分析两株乙脑病毒全基因组核苷酸、氨基酸序列同源性并进行系统进化分析。结果我国2009年西藏蚊虫标本中新分离基因Ⅴ型乙脑病毒（ XZ0934）与1952年马来亚（马来西亚）脑炎病例脑组织分离的基因Ⅴ型乙脑病毒（ Muar ）全基因组分别为10983和10988核苷酸，两株病毒核苷酸和氨基酸同源性分别为90．6％和98．3％。两株基因Ⅴ型乙脑病毒开放读码框（ ORF）均编码3433氨基酸，而其他4个基因型（1～4型）乙脑病毒ORF编码3432氨基酸。与其他基因型乙脑病毒相比，基因Ⅴ型乙脑病毒较其他基因型乙脑病毒在非结构基因NS4a区段插入一个丝氨酸（Ser），在3′非编码区（3′UTR）插入10～14核苷酸。 E基因分子遗传进化分析显示，XZ0934病毒株与2010年韩国蚊虫标本中检测到的基因V型病毒10-1827处于相邻进化分支，而与Muar株距离较远，提示基因Ⅴ型乙脑病毒在近60年间存在分子遗传进化差异。结论两株分离年代相距约60年的基因Ⅴ型乙脑病毒核苷酸与氨基酸之间均维持较高同源性，均保留了基因Ⅴ型乙脑病毒在非结构基因NS4a的氨基酸插入，但是新分离病毒与60年前分离病毒在分子遗传进化中存在差异。