【摘 要】
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目的 了解上海地区腹泻患儿感染的星状病毒基因组分子结构特点和基因型.方法 用RT-PCR方法分段扩增星状病毒基因组,克隆于pMD18-T载体上,测定序列并拼接,用MEGA、DNAStar软件
【机 构】
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上海交通大学农业与生物学院,内蒙古农业大学动物科学与医学学院,河南动物卫生检疫监督所
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目的 了解上海地区腹泻患儿感染的星状病毒基因组分子结构特点和基因型.方法 用RT-PCR方法分段扩增星状病毒基因组,克隆于pMD18-T载体上,测定序列并拼接,用MEGA、DNAStar软件对所得序列进行分析.结果 本次分离株基因组全长6807 bp,命名为HAstV-SH,提交到GenBank上的序列号为FJ375759,有3个开放阅读框架,非结构基因ORF1a、ORF1b共长4290 bp,位于基因组83～4372 nt之间;编码结构蛋白的ORF2基因全长2364 bp,位于基因组4764～6727 nt之间.与GenBank中星状病毒ORF2基因组序列同源性比较发现,HAstV-SH与1型星状病毒核苷酸同源性最高(97%),与其他基因型的同源性为63%～70%.结论 上海地区儿童感染的星状病毒HAstV-SH属于1型星状病毒,与日本分离株AB009985亲缘关系较近,氨基酸同源性为97.5%.
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