据意大利学者图齐教授研究，科迦寺的创建跟后弘初期的著名大师仁钦桑布尊者有关，当时古格国王拉德在仁钦桑布留学克什米尔归来后，委托其建立科迦祖拉康，文献记载该寺名为吉祥天成寺，约10世纪末开始兴建，一同兴建的还有托林寺和娘尔玛寺。
　　科迦寺以东西向布局，以百柱殿和释迦殿为主要建筑。寺内仍保存有大量藏文文献典籍、佛像、佛塔等文物，以古代壁画、唐卡、木雕等为外界所关注，尤其以最为著名的“科迦觉沃”三尊银质像闻名于世，分别为文殊、观世音、金刚持。据记载，普兰先有科迦寺，后有科迦村，村因寺而衍生，也因寺而得名。2001年被列为全国重点保护单位。
　　科迦寺南北雪山环抱，顺地势而建，坐北朝南，各殿、僧舍、佛塔高低错落有致，殿墙外表绛红、黄、白等色，以及楼顶耀眼金幢，与蓝天、雪山形成一派雪域圣地景象。
　　寺内百柱殿位于西部，面朝东，释迦殿位于寺院南部，面朝北，两殿呈“L”字形分布。百柱殿是科迦寺主殿，体量较大，据载是该寺最早建造的大殿，殿内遗存壁画和建筑构件还能隐约辨别早期痕迹。
　　百柱殿二层为中央大殿环以小殿的早期形式，大门的门框、门楣设多层装饰，逐层递进，刻制有精美繁复的浮雕图案，从上而下依次雕刻有鸟兽、花卉、佛像、人物故事、建筑房型等。这种门框、门楣的雕刻形式以及各种神龛支柱样式、狮面特征、花草图案透露出对印度和尼泊尔早期佛寺建筑的模仿。
　　释迦殿外墙面粉刷绛红色，整体显得庄严肃穆，上沿顶部置边玛草，释迦殿又称“觉康殿”，是科迦寺喇嘛日常诵经修法的场所，由廊院、门廊和大殿组成，廊院东西两侧及门两边为内廊，门廊由敞廊和过厅组成，敞廊的木质柱、托及粱均施绘彩色。
　　科迦寺属于古格复兴佛教高潮的历史善果之一，是阿里地区南部最为重要的寺院，也最为知名，在历史上的后弘初期有着重要角色担当，与古格王朝保持有紧密联系，在当时皇室扶持下，不断壮大，在历史上与同时代西部藏区最为著名的托林寺、塔波寺和阿基寺盛名远播，在西藏历史文化上占据特殊的重要地位。
　　目前寺内艺术遗存被外界所特别关注的主要是佛殿壁画和门框、门楣木雕，一直以来被远道而来的慕名者所青睐。目前寺内壁画保存不多，并且各种原因导致遗留部分漶漫不清。
　　从大概一百年前开始，西方学者开始涉足阿里地区多处古代寺院考察，大量的遗址和相关的照片资料陆续在国际学界被公布，不断引起更多学者的持续关注，西藏西部古代文化艺术逐渐清晰地浮现在世人眼前，成为一个喜马拉雅文化大背景下独特而光彩的重要环节，随着近几十年来国际藏学研究的不断深入，西藏西部地区的艺术史研究成为最为热门的研究方向，不断有新考古发现和新的研究成果出现，尤其近些年中国藏学学者和考古学家对阿里地区考古工作的全面展开，更大限度地使得诸多历史信息呈现出来，科迦寺就是其中不可缺少的研究对象。
　　科迦寺艺术遗存相对托林寺、古格古城各殿和塔波寺、阿基寺明显较少，目前寺内艺术遗存被外界所特别关注的主要是佛殿壁画和门框、门楣木雕作品，一直以来被远道而来的慕名者所青睐。目前寺内壁画保存不多，并且各种原因导致遗留部分漫漶不清。而事实上科迦寺最初创建期的壁画已经无从知晓，它们没能幸运地存留至今，我们只能从文献记载中来想象最初被绘制在佛殿墙壁上的画面。

　　首先科迦寺大約是仁钦桑布尊者从克什米尔留学归来所接手的最重要的事业之一，并且跟随他回国的还有一个克什米尔籍艺术家团队，他们主要负责寺院各殿的布局设计，以及完成各项艺术类工程，如壁画、木雕、石刻等。
　　也就是说，最初科迦寺所有艺术类的风格、样式，应该是以克什米尔艺术为主导的。
　　从科迦寺目前的遗留壁画特征信息来看，年代已然跨越到约14世纪。这个时期艺术风格特征已不再是克什米尔式的那种身形高挑，姿态略显夸张、恣肆的样式，而是以身材比例匀称、表情内敛含蓄的尼泊尔样式为主。这十分符合历史上西藏西部从克什米尔风格向卫藏地区多种风格融合的进程。
　　从目前已发现的各种文献资料和各种研究成果来看，在印度地区被伊斯兰文化侵入之后，印度的佛教文化逐步停止了对外的文化输出，西藏高原的文化艺术外围源头，逐渐转换成尼泊尔式佛教艺术。而尼泊尔的佛教艺术最初也是受印度影响比较大，后来随着自身审美融入，逐步形成了尼泊尔式的地方性风格特征。
　　这种尼泊尔风格被西藏高原全面接受，始于13世纪日喀则萨迦派的兴起。受邀请而来的尼泊尔艺术家团队以阿尼哥为杰出代表，很快在藏地掀起一股尼泊尔艺术浪潮，甚至被当时元帝国朝廷的造像机构所接纳，成为一时美学新宠，也直接向西影响到了古格地区，尤其科迦寺地处与尼泊尔边境接壤的特殊地理位置，受其影响恐怕更早于其他西藏西部地区。
　　有资料显示，在古格早期和晚期的两次佛教复兴高潮之间，有一段几乎两百年的特殊低谷时代，也恰巧是历史文献空白点，几乎没有记载这段时期古格究竟什么原因导致社会发展的停顿。目前推测可能性最大的原因是12世纪中叶古格与邻国嘎逻邦之间的战争，古格遭受严重失败，国王扎西泽与王弟被杀，另一王弟被俘虏，这一严重事件直接导致古格经济和宗教直线衰落，迦斯亚一末罗王朝势力伺机实际控制了古格地区相当一段时期，大约两个世纪后，古格才恢复对该区域的管辖。
　　从科加寺目前的壁画特征不看，年代已然越到约十四世纪。这个时期艺术特征已不再是克什米尔式的身形高挑，姿态夸张的样式，而是身材比例匀称、表情内敛禽兽的尼泊尔样式为主。
　　科迦寺目前留存的最早期的壁画，是否就是这段尼泊尔势力侵入期所绘制，并没有直接文献证据，但寺院大殿的壁画显示出这个时期所绘制的风格特质。壁画以勾线填色的传统技法绘制，细线辅以平涂，设色以绛红、浅绿为主，尊像们往往体形匀称小巧，大头宽额，五官相对集中，无论释迦牟尼或观音、菩萨都低眉含笑，小嘴微仰，金刚护法体态敦实，圆目睁张，近乎可爱之态，整体烘托出祥和氛围，透露出迷人的温文尔雅气质。这是相对高超的绘画技艺，作者可能就是尼泊尔籍艺术家。
　　科迦寺壁画中，还有一些年代更晚，大约18、19世纪时期，这些壁画已经没有了西藏西部的传统绘画因素，风格特征也全然接近卫藏地区较晚些时候勉唐画派的面貌，显示出阿里地区地方性艺术被外来艺术替代的客观现实，曾经的辉煌开始画上句号。
　　幸运的是，今天世人还能通过保存相对完整的门框、门楣看到科迦寺最初的艺术渊源，尽管历经漫长岁月，科迦寺木质门雕还是幸运地保存下来，属于比较纯粹的早期克什米尔风格作品。
　　科迦寺门雕结构复杂，布局合理，雕刻技艺高超，诸形象都呈高浮雕，尤其门顶三角形构建及边侧壁柱上完整保存一百零八位尊像，场景二十七处。另外还保存有五十四处关于那迦和加如达的故事场景，成为迄今为止西藏艺术作品中唯一关于《罗摩衍那》的作品，另外，还有一些坛城形式的木雕形象。
　　科迦寺还保存有唐卡、金铜造像、佛经、石刻、擦擦等文物，它们和壁画、木雕一样，投射出科迦寺厚重的文化积淀。