晋安帝的老爹孝武帝是东晋或整个晋朝，为数不多的真正掌过大权的皇帝。他在位期间，让同母弟弟琅琊王司马道子参政，收回由高门士族把持的大权，此时正走下坡路的门阀对他无可奈何，只能编些谶语、童谣来恶心皇室，“晋祚尽昌明（孝武帝字昌明）”一语不胫而走。
　　然而孝武帝被闷杀，晋安帝继位，晋朝没亡。难道谶语不灵了？不，预言界又出来解释了，所谓“晋祚尽昌明”是说东晋在孝武帝死后就会走向灭亡，至于具体时间——“昌明之后尚有二帝”。
　　晋安帝绝对是傀儡的命，别的不说，他继位时才15岁，东晋的皇帝又不像北魏那样早熟，况且东晋的皇帝按传统来说是没权力的，孝武帝通过自己的努力拿回了皇权，但他并没建立一套完整的运行机制来保证权力的过渡。而且所有人都知道晋安帝是个白痴，所以无论机制如何，他这个傀儡是当定了。
　　晋安帝并不像晋惠帝那样智商低，而是完全没智商。他从小到大不知饥饱、不辨寒暑，大小事务全靠别人照料，而且不会说话。翻检《晋书》《建康实录》等书中的安帝本纪，除了诏书外，从没见他说过一句话，不是说了没被记载，而是真的不会说。
　　先是叔父司马道子，再是堂兄司马元显，如果不出意外的话，晋安帝应会禅位于他们。然而桓玄异军突起，杀人建康，几经思考，桓玄决定：去你的“昌明之后尚有二帝”，“尚有一帝”也要篡。就这样，桓玄篡位称帝，改国号为楚，晋安帝被封为平固王，第二年又被迁至浔阳（今江西九江）。
　　同年，刘裕在京口起兵，击败桓玄。桓玄挟晋安帝逃往江陵（今湖北荆州）。不久桓玄被杀，晋安帝在江陵复位，但好景不长，桓玄的余部很快又攻陷江陵，晋安帝再次被俘。直到义熙元年（405年）他才得以回到建康，那时他已离开建康14个月了。
　　晋安帝脱离了旧军阀，又落到新军阀刘裕手中，不过这次比以往好些，此后十余年他一直活得比较安稳，刘裕北伐后还一不小心成为东晋收复故土最多的皇帝，当然只是“名义上的”。
　　从某种意义上说，晋安帝算是帮了刘裕。擊败桓玄后，刘裕的威望虽如日中天，但并不是一家独大，于是他利用晋安帝的名义铲除政敌，连话都不会说的晋安帝当然不会反对了。
　　义熙十四年十二月，本来依据谶语显示“昌明之后尚有二帝”，但五十多岁的刘裕等不及了，决定人为加快预言。按照最初的设想，晋安帝的死应该很简单，毕竟宫里宫外都是刘裕的人。但晋安帝的弟弟琅琊王司马德文听到一些风声，于是搬到宫里与哥哥同吃同住，终日不离半步，想要保住哥哥的命。
　　但两个人哪能真的寸步不离，不久司马德文身体不适，主动或是在刘裕的“建议”下回府休养，刘裕则派晋安帝的几个近侍将他勒死，之后伪造了一道遗诏，称晋安帝因病暴毙，临终时把皇位传给了司马德文。