新型光伏农业是在满足农作物生长的光照需求下进行光伏发电。为研究不同光学分光膜下生菜叶片的差异基因表达情况，以“阿迪娜”生菜为试验材料，利用转录组测序（RNA-seq）技术分析在覆盖红蓝滤光膜（Red and blue filter film，RBFF）和远红光截止膜（Far infrared cut-off film，RICF）条件下生菜叶片的基因表达水平。结果表明，RBFF中2,685个基因存在差异表达，其中有1,380个上调表达基因，1,305个下调表达基因；RICF中有3,264个基因差异表达，其中上调表达基因有881个，下调表达基因2,383个。进一步分析发现，1,498个差异表达基因在RBFF和RICF中都表达，1,187个基因在RBFF组中特异表达，1,766个在RICF组中特异表达。从这些差异表达基因中筛选出10个可能与光胁迫相关的基因，实时荧光定量验证转录组数据的可靠性。结果表明，大部分基因的表达情况与测序结果一致，说明转录组数据是可靠的。光响应相关基因的表达分析结果显示，红蓝滤光膜覆盖下大部分基因在覆盖15 d时大量表达，达到表达高峰；远红光截止膜下，3个基因表达量较高，其余的表达量较低，大部分基因在15 d – 21 d时达到表达高峰。本研究为进一步挖掘生菜基因组中光响应基因以及揭示生菜对光响应的分子机制提供理论依据和数据支持。