为了解决流域的整体性与地方政府区域化治理之间的矛盾,流域污染中的跨区协作逐渐增多,流域综合治理成为主流趋势,然而河流污染情况依然严重。法律法规中有关政府间协作治理的内容规定较少,流域治理的法规中关于政府协作可操作性规范有待完善。多地通过协作协议的方式实施政府间协作治污,但是政府间协作协议的法律性质不明,协作协议法律拘束力不足。水污染纠纷发生后,解决途径有限且缺乏法定的最终解决手段,导致纠纷解决容易陷入僵局。需在完善协作治污法律规定的基础上,充分发挥流域管理机构的流域综合管理、协调职能。通过明确协作治污协议的法律性质,完善协议中执行条款、责任条款以及监督条款,增强协作协议的法律拘束力。同时,应拓宽水污染争议的多样化纠纷解决渠道,以促进政府间水污染纠纷解决效率的提高。