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微卫星DNA在染色体上随机即分布，是十分有效的遗传标记。目前，在鹿类发现约有200多个微卫星位点，除了极少数位点是直接从DNA文库中筛选的以外，绝大多数都是将牛、羊的微卫星位点"借用"到鹿类。这些位点被广泛应用到父权鉴定、遗传多样性和种群结构分析、种群基因渗入的检测、孕期长短及越冬存活率等的遗传标记等方面的研究中。然而，微卫星DNA的数量目前还远不能满足研究需要。将来要在以下方面开展工作：1）分离更多的鹿类特异的微卫星位点，2）构建微卫星位点的遗传和物理图谱。这样，微卫星DNA才能在鹿