【摘 要】
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目的 筛选胃腺癌(Gastric adenocarcinoma,GAC)差异表达的关键基因并进行验证,分析其调控通路.方法 自美国国立生物技术信息中心基因表达数据库(Gene expression omnibus,GEO)下载GAC基因芯片数据集GSE118916.应用R语言Limma程序包筛选GAC与癌旁对照组织差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs).应用R语言ClusterProfiler程序包对GAC的DEGs进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto
【机 构】
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华北理工大学公共卫生学院 河北唐山 063210;华北理工大学临床医学院
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目的 筛选胃腺癌(Gastric adenocarcinoma,GAC)差异表达的关键基因并进行验证,分析其调控通路.方法 自美国国立生物技术信息中心基因表达数据库(Gene expression omnibus,GEO)下载GAC基因芯片数据集GSE118916.应用R语言Limma程序包筛选GAC与癌旁对照组织差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs).应用R语言ClusterProfiler程序包对GAC的DEGs进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析.通过DAVID(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)数据库对GAC的DEGs进行基因本体(GO)功能富集分析.使用STRING(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes)和Cytoscape构建蛋白质间相互作用网络(PPI),筛选其核心模块和关键基因.使用UALCAN数据库分析关键基因与GAC患者预后的关系.GEPIA数据库分析预后关键基因与GAC患者TNM的相关性.采用单基因GSEA分析关键基因调控的通路.结果 GAC癌组织和癌旁组织存在704个DEGs,其中上调基因422个,下调基因282个.GO功能富集结果显示,DEGs主要富集在细胞外基质组织、细胞粘附、炎症反应、胶原蛋白分解代谢等功能通路;KEGG通路分析显示,DEGs主要影响ECM-受体相互作用、黏着斑、补体通路等多条通路.在PPI网络筛选的关键基因中,C3、GNB4和COL1A2影响GAC患者预后和GAC进展.单基因GSEA结果显示,C3、GNB4和COL1A2可能通过黏着斑、癌症通路、干细胞Wnt信号、转化生长因子-β信号途径影响GAC患者的预后.结论 C3、GNB4和COL1A2是影响GAC进展和预后的关键基因,其调控通路可能与黏着斑、癌症通路相关.
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