创建国家食品安全城市以来，为推动农产品生产主体质量安全第一责任末端落实，实现产地准出与市场准入管理的有效衔接，解决食用农产品监管难点，南京市从制度机制入手，以把好“准出、准入、衔接”三关为主抓手，出台法规规范，强化一线监管，组织联合执法，成功构建了全链条监管体系，推动准出准入衔接规范有序运行。
　　推行合格证制度，把好“准出关”
　　制定《关于做好农产品质量追溯有关工作的意见》《南京市地产农产品质量安全追溯挂钩意见》，出台奖补政策，鼓励规模生产主体主动纳入省追溯平台监管。截至2020年年底，省追溯平台上线主题达到1965家，溯源产品达2228个，建立生产档案4911个，使用标签67.2万张，全市试行食用农产品合格证制度生产主体达1020家，逐步实现“带证明上网、带编码上线、带标识上市”。
　　南京市成立了试行农产品合格证制度工作指导小组，召开食用农产品合格证现场推进会，将1000家生产主体合格证试行任务分解到各区，责任到人。在开展全方位、有重点宣传的同时，加大培训指导力度，全市各级合格证培训60多场1860多人次，做到镇街监管员和村级协管员、参与试行的生产主体培训全覆盖。出台追溯补助政策，鼓励新型农业生产主体主动纳入省追溯平台监管，对393家试行合格证示范主体实施奖补，市区两级落实合格证制度培训、奖补等资金超800万元，落实追溯四挂钩机制，加快形成地产食用农产品追溯倒逼机制。持续开展农产品质量安全专项整治， 2018年至2020年，全市地产农产品部省市监测抽检综合合格率均在99%以上。
　　织密制度规范网，把好 “准入关”
　　南京市场监管部门坚持把农产品的市场准入作为食品安全监管的“源头”，完善制度规范，加大监管力度，筑实农产品入市的金盾牌。
　　南京市市场监管局制定了农贸市场八项制度、批发市场八项制度、批发市场日常监督细则等制度规范，从源头把好“准入关”;指导市场建立完整的食用农产品经营户入场审查制度，设置门禁索票索证查验关口，产品入场时在门禁处统一查验票据，票据收取率达100%，严格杜绝农产品从非正规渠道进入和流出市场。同时，在全市365家批发、农贸市场建立了全覆盖快检室，年检测总量达到300万批次。截至8月中旬，今年已检测216.24万批次，检出问题食品3945批次，问题检出率0.19%，全部依法依规处置，阻断问题产品流入餐桌;实践探索“三级责任”制度，落实“分级处置”，对风险内控检测不合格的产品依法处置，试点重大食品安全问题实行“一票否决制”，直接将发生重大食品安全事件的商户逐出市场。
　　凝聚增强共治力，把好“衔接关”
　　南京市市场监管局坚持把准出准入衔接作为抓好食品安全的重要关口，加大部门合作、推进信息共享、强化系统运用，推动准出准入衔接在高水平上运行。
　　南京市場监管部门与农业部门构建食用农产品产地准出与市场准入合作机制，联合印发相关文件，为推动准出准入衔接提供依据;与农业农村局联合成立督查组，由两局分管局长带队，在全市范围内开展“打假除禁治超”为主题的农产品质量安全联合督查行动，督导准出准入衔接在末端有效落实;2019年底以来，南京市按照全省追溯“一张网”的要求，完成了市区追溯平台与省追溯平台数据完整对接，实现省市区追溯信息互联互通共享;南京市被确定为全国首批肉类蔬菜流通追溯体系建设试点城市之一，率先出台《南京市肉菜流通追溯体系管理暂行办法》，截至2020年年底，共建有追溯节点511家，当年产生和上报商务部平台追溯信息2.81亿条，为实现高水平的准出准入衔接提供支撑。