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针对醌指纹法分析活性污泥微生物群落结构时遇到的实际问题，对两个重要拓展实验条件进行考察，结果表明：-20℃冷冻活性污泥，对微生物醌的萃取和发现没有明显影响，对微生物群落结构分析的准确性几乎没有影响．因而活性污泥可以在-20℃冷冻保存；改变高效液相色谱仪（HPLC）的设定温度不会影响醌的发现，但是提高温度将会缩短实验时间．