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分子流行病学的出现已经有约20年的历史,其出现的标志是1991年第1个分子菌株分型技术的问世.之后,很多种用于分型的替代技术被开发出来,并被不同程度的应用,其中基于IS6110的RFLP指纹技术、spoligotyping和MIRU-VNTR分型技术已经成功地发展为非常有价值的工具,用于监测和了解疾病在宿主人群中的发病过程.