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作为其唯一盈利途径，南水北调一期工程调水成本多少、水价如何确定，是这项工程进入运营阶段后，最核心的问题之一。
但直到东线开始运营、中线也即将通水之际，除一些原则性规定外，答案仍未出现。“南水北调水价既算不清楚，也没人去算。”一位了解决策过程的研究人员如此形容。
今年2月初国务院公布《南水北调工程供用水管理条例》（下称《条例》）之前，各方仍对答案揭晓均抱以期待。最终，在这份堪称南水北调运行纲领的文件中，也只是重申了工程规划时已确定的“两部制”水价原则。核心细节，仍待有关部门另行规定。
南水北调工程独特的“混搭”定位，及由此产生的与现有体制的衔接困难，是局面棘手的重要原因。
中国以往的水利工程主要由政府投资并弥补供水成本。结果是一方面水资源紧张，另一方面用水效率不高。为破除窘境，亦因彼时财政困难，南水北调工程采取了全新的融资建设格局。在此基础上，其被定性为经营型及公益性结合的“准市场运行机制”水利工程，由政府主导，市场化运作，企业化管理，用水户参与。希望实现供水经济、高效、可持续利用。
今年“两会”期间，全国政协委员、南水北调办原主任张基尧对这种体制下的水价阐释了三项原则：一、要保障老百姓用上水，否则工程初衷达不到；二、太低不利于节水，还会加重污染；三、与利益相关者充分协商。
以此为基础，水资源要找到“准市场运行机制”下体现公益性与市场化定价的平衡点，仍不简单。对其运营水价来说，改革对旧体制的两个核心问题是否触及，将十分关键：其一，工程对农业和环境供水造成的亏损，是否有政策性的补偿渠道及方式？
这个问题也导致了对南水北调工程定位的争议：一方认为，工程每年都应按规划调水，否则就是失败，无法维持正常运营。
另一方则坚持，南水北调工程的真正目的不在于调多少水，而是大幅提高受水区的供水保证率，有需要时有水可供，关键只在于落实政策性补偿。
第二个核心问题同样棘手：公益性是否体现在工程完工后的资产折旧中？如考虑，亦即在工程端采取市场化成本定价，则到京津等核心受水区时，虽当地水价已调整了十余年，但口门水价很可能仍将高于当地现行水价。
中央及地方政府都将面临选择：若不补贴，用水端在常规情况下弃用调水，南水北调维稳北方地下水及生态的初衷难以实现；若补贴，则有可能出现“大调水、大浪费”局面。
面对凡此种种，南水北调一期两线调水最终如何定价，将是判断这一工程真实性质的最佳标准。
因大量财政资金被投入1998年洪灾后的重建过程，政府财力有限，通过收水费筹措部分工程资金并大量向银行贷款，是南水北调工程在初始阶段就定下的原则。
这也意味着，跟以往水利工程相比，南水北调工程运营对水价的重视程度要更高。
据2002年12月由国务院批复的南水北调工程总体规划，南水北调工程计划投资5000亿元，建设50年。其中，东中线一期工程1240亿元，分别是东线320亿元、中线920亿元。
工程的三条筹资渠道为：一、中央财政资金248亿元，占20%；二、地方筹集南水北调基金434亿元，占35%；三、银行贷款558亿元，占45%。
按规划，中央财政资金主要靠中央财政预算及国债。因当时预算中对水利建设的总投资仅为400亿元，故资金筹措重点是灵活的预算外国债资金。
2004年时，国务院又正式批准成立南水北调基金，并要求受水省市按调水量承担基金征缴费。
剩余约一半资金缺口只能向银行贷款。因利息被国家调控下降15%、银行资金有限且不愿担风险，最终采取银团贷款模式。同样在2004年，由国开行企业局牵头、九家银行组成的银团，协议向工程贷款558亿元。
但这一筹资框架并未实施到底。受国家补偿政策变更、工程量增加、物价上涨及利息等因素影响，到2005年东中线一期工程可行性研究报告编制完成时，建设资金总量比总体规划翻了一番，达到2546亿元。
因原有的三条路径已经被证实难以走通，最终多方协调确定的新格局为：将三峡工程基金在三峡工程建成后转化为大型水利工程建设基金，其中一部分（前期大概占到75%）用于南水北调工程建设，剩余部分用于三峡后期建设和扶持。
此时的资金结构变为：中央投资414亿元，占16%；南水北调基金减少到290亿元，占11%；贷款仍为558亿元，占21%；水利工程建设基金1241亿元，占49%；地方筹资43亿元，占2%。
这种格局减轻了地方的负担，亦为南水北调干线工程建设做实了建设资金来源。此外，各方还对未来（国务院批复可行性研究报告是2008年，工程投资以2007年物价水平测算，工程结束是2014年）可能的建设成本上涨预留了空间。
按国家审计署对项目进行审计的最终结果，南水北调的最终建设成本可能在2546亿元基础上再增加约600亿元，达到3000亿元左右。增加部分通过延长南水北调工程建设基金解决，仍不足部分则向银行贷款，本息由水利工程建设基金偿还。
但这仍然是较为保守的数字。国家发改委原副主任杜鹰则在一次建设会议上透露，随着工程的进展，估计南水北调一期工程通水时的成本将达3500亿元。
在南水北调工程总体规划阶段，已制定了南水北调工程水价形成的基本思路，即水价形成与资本市场开放程度相协调，达到既可使水价在居民和企业的承受能力以内，同时又有利于达到筹集工程建设资金和维持工程良性运行的目的。
为偿还至少翻番的建设成本及利息，同时维持工程的后期运营，南水北调水价的制定，并不容易。
中国现行的水价制定标准是并不复杂的单一制水价，即“工程成本+税费+合理利润”。
但是，“如实行单一制水价，工程管理单位将完全受制于受水区的用水需求情况，”国务院南水北调办经济与财务司司长朱卫东近期在《南水北调报》上刊文解读，“一旦受水区用水量较少（甚至不用水），工程管理单位将不能收取到足够的水费，无法偿还工程运行维护费用及贷款本息，无法持续运行。” 为满足上述多重水价标准，南水北调在尚不成熟的基础上设定了新的水费收取模式，即“两部制水价”。
所谓“两部制”，是根据产品成本分为固定及变动成本原理，将产品价格分为基本价格（或容量价格）及计量价格两部分。前者对应固定成本，后者对应变动成本及利润等变动因素。这种制度下的基本价格按一定销售量核定，不随销售变化而变化，计量价格则按实际销售量收费。
该制度主要应用于一些投资成本大、生产单位和销售对象比较固定、产品不能被大量储存的行业，是鼓励用户充分利用生产能力降低成本而设计的一种价格制度。中国最典型的例子，是电力系统实行的两部制电价制度。
具体到水利工程，这一计价制度将有利于防止不同周期同一用户需求波动而带来费用负担的大幅度变化，使其在不同周期的负担较为合理均衡。
除此之外，在工程规划阶段，国务院曾让各地申报需调水量。一开始各地的申报数字非常踊跃，但最终国务院要求各地按照申报数字承担基本水费后，各地的积极性不同程度地打了折扣。
根据《条例》，南水北调工程供水实行由基本水价和计量水价构成的两部制水价，收取的水费专项用于南水北调工程运行维护和偿还贷款。
这只是原则和方法，要想走到实际的水价制定阶段，仅关于两部制水价本身如何细化方案，仍有大量研究、讨论和协商制定的工作要做。
首先，要实现两部制水价应采用何种模式，关键是基本水费高低和基本水量大小的确定。对调水工程而言，基本水量定得较高，可发挥调水工程能力，提高用水效率；基本水费较高，能保证供水工程正常运行所需的经费，但需考虑用户的承受能力和可接受性。
计量水价的制定亦有学问。“定得较低，可引导城市用户多用外调水，减少城市挤占农业和生态用水，尤其是减少地下水的超采；定得较高，有利于促进节水，提高水利用率，但对改善农业生产条件和生态环境的贡献会减小。”南水北调中线干线工程管理局经济师胡佩玉认为。
因南水北调中线工程沿线受水区既有经济较为发达的北京、天津，也有经济欠发达的河南、河北，如何统一定价，协调过程至今尚未结束。
除此之外，据《财经》记者了解，在总体规划阶段，南水北调工程的两部制水价包含的仍是容量水价与计量水价。到可行性研究阶段，表述已改为实行基本水价与计量水价相结合的两部制水价制度，并最终被写入《条例》。
变化看似细小，其实也暗藏深意。
按照现行供水管理体制，城市自来水和水利工程供水分开管理，管理办法有两部，《城市供水价格管理办法》和《水利工程供水价格管理办法》。对城市自来水和水利工程供水的两部制水价分别进行了规定。
前者规定的是容量水价和计量水价相结合的两部制水价；后者规定的是基本水价和计量水价相结合的两部制水价。随着近几年中国水资源管理体制改革及水务一体化逐步实施，城市自来水和水利工程供水逐步实行统一管理，两者之间的界限正在越来越模糊。
问题在于，《条例》规定的两部制水价，采纳的标准是《城市供水价格管理办法》，它重点考虑的是城市供水工程的特点，即工程在建设时大多使用了银行贷款，需还本付息，在确定价格时主要考虑还本付息，因此在容量水价中计入了贷款利息。
这种标准可能造成的问题是：其容量费用能满足贷款还本付息的要求，但工程的基本运行维护费用却难以得到保障。
相较之下，《水利工程供水价格管理办法》则主要考虑已建厂水利工程的特点，基本水价的制定更侧重于保证工程正常的运行维护，但与此同时，因以往水利工程使用贷款较少，大多没有还贷任务，则还本付息的费用将难以得到有效保障。
“由于两个办法规定的两部制水价制度所采用的名称不一样，成本分摊内容不尽相同，因此给理论界和实际政策执行带来了很大的困扰。”南水北调办的一位相关研究人员说。
如何结合二者形成新的适合南水北调工程的两部制水价，仍是问题。
即使两部制水价的计算标准得以确定，仍只是最终水价确定的第一步。
因南水北调工程按不同的范围进行管理，所以会产生三个级别的水价：
1.总干渠至各省市分水口门水价（即两部制水价的计算范畴）；
2.各省市支干渠到自来水厂或斗渠口的水价，在分水口门水价的基础上，受水区用水户的水价还要考虑分水口门至自来水厂的配套工程、城市自来水厂及配水管网、污水收集与处理等环节的成本；
3.在上述基础上，加上利润，形成用户水价。
因相关部门一直未曾公布水价成本的准确构成及计算方法，有关南水北调入户水价将高达8元到10元的说法，一直未曾消停。
对此，南水北调办曾多次辟谣，并组织专家座谈，集中讨论成本下降空间以及输送可行性等关键问题。
而被国务院定为南水北调工程后期运营主管部门的水利部，也曾组织过山东、江苏两省的相关部门一起核算水价。但经多次协调，水价问题仍难以达成一致。
上述一系列调查及研究，结果并未公布。
在分析相关情况时，水利部发展研究中心副主任黄河告诉《财经》记者，实际上，中国的水价制定，其实早有一套成熟的计算方法，虽然复杂，但相关数据确定后，水价的计算其实有章可循。
但目前到底相关数据如何取舍，各方一直难以达成共识。就《财经》记者所了解的情况来看，主要分歧有两点，即自然条件及经济政策。前者主要影响工程固定资产投资和年运行费；后者包括投资政策（是拨款还是贷款？贷款多少？年利率多少？偿还期多长？）和利润、税收政策等方面的取舍。
按照学界的一般观点，外界的种种“高价论”，在上述取舍皆采取偏重市场性、以成本定价方式的基础上，到最终用户水价时，的确可能出现。
作为“十一五”期间国家科技支持计划重大项目，中国水利水电科学研究院水资源所工程师秦长海也曾对投资标准提高后的水价进行过测算。 他选择了偏重于公益性的标准：南水北调基金形成固定资产折旧不计入供水费用，其维护费用则计入供水费用中；中央预算拨款和银行贷款全部计入供水费用；配套工程成本计入水价。
最终结果为：东线工程中德州市的主体工程水价最高，为1.92元/立方米；中线工程天津市的调水水价最高，达到3.03元/立方米。
以上价格是在资本金利润率为1%的基础上计算得出的，在这个水平下，南水北调工程将承受较大的财务风险，如果将资本金利润率提高到8%，那么调水水价还将显著提高。
从上述研究结果可以发现：除距离水源地较近的地区外，各受水区主体工程水价要高于当地现行的水资源费，考虑配套工程成本和污水处理费后，调水水价将高于各受水区现行的水价。
在此基础之上，南方北调水的最终用水价格是否也要翻番？地方政府对此十分头疼。
以山东为例：国家发改委初步测算南水北调山东段平均水价（俗称“工程水源费”）为1.54元/立方米，其中基本水价0.76元/立方米、计量水价0.78元/立方米。而2012年的《山东省水资源公报》显示，2012年山东的水资源费标准分别为：地下水0.65元/立方米、地表河库水为0.3元/立方米，黄河水价格更低。
如果按目前南水北调测算的1.54元计算，最后山东到终端用户的平均价格大概在6元，远高于目前山东地下水、黄河水等用水价格。
“不缺水的时候水来了，而且是高价水，地方政府的协调工作做起来就很难。”山东省南水北调工程建设管理局一位相关人士表示。
特别是在当地水资源够用的前提下，南水北调的高水价问题，已在很大程度上影响了受水区城市的调水量。
在山东上报水利部的2014年调水计划中，仅有济南、枣庄、青岛、潍坊、淄博五个城市上报了调水计划，总计7750万立方米。
按原定规划，这五个城市承诺多年平均调水总量应为5.12亿立方米。此外，济宁、菏泽、滨州、东营等八个城市原定的多年平均计划调水量总计9.55亿立方米左右，但目前均无调水安排。
类似的情况也已在江苏出现。按照扬州、淮安、宿迁等七城市上报的2014年度调水量，很可能有一部分会调入调蓄水库，并未到达终端用户。
在受水区只把南水北调水当做备用来水的情况下，两部制水价想要执行，地方必须按时足额缴纳基本用水费。
但目前的问题在于，虽《条例》中已明确工程管理单位与受水区签订供水合同，约定年度供水量、供水水质、水费缴纳时间和方式、违约责任等。但在工程管理单位尚未明确建立前提下，已有的供水协议，并不具备强制性。
“工程建设前并未达成广泛的统一意见并通过有效方式形成协约，受水区也就不愿意承担应有的责任和义务。”一位相关研究人员对此指出。
除因不缺水而弃用调水之外，如何保证缺水的地区不因调水价高而弃用，亦是不得不考虑的问题。
以北京为例，其设计的水资源联合调度原则是优先使用调水，适当补充当地地表水，控制开采地下水。但从供水成本分析，用户希望的用水优先顺序与水资源调度原则恰恰相反，如果没有政府的大力支持，南水将很难进入当地水市场，也就无法把地下水和生态水资源置换出来。
2014年5月1日，北京开始实施居民新水价。居民水价每吨由4元涨到5元，并按用水量实行阶梯水价。非居民用水统一调整到8.15元，分两步实施。自5月1日起，水价调整为7.15元，自明年1月1日起，调整为8.15元。特殊行业用水价格大幅度提高，每立方米达160元。
调价之后，北京最新的水资源费为1.57元/立方米。而根据多年前《南水北调中线一期工程项目可行性研究总报告》测算的北京段口门水价，则在2.023元-2.324元/立方米。
对于自来水厂来说，按照现行的会计准则，愿意接收调水工程水源的前提条件是口门水价不高于当地水资源费，否则会直接影响水厂供水利润。目前的差额，显然不利于提高自来水厂的积极性。
面对这种情况，山东等地有相关官员建议，因南水北调作为国家战略性及公益性工程，所以基本水价应由中央、省、地方共同承担，终端用户只承担计量水价的费用。此外，在调水缓冲期内，应实行水价优惠措施。
黄河则认为，南水北调的调水成本远高于受水区开发当地水资源的成本，如果水资源费在水价中比重太低，甚至只体现工程价，讲究“实惠”的使用者，势必继续掠夺式开发当地水源，而不用北调的江水。
就可能出现的水价倒挂，《条例》提出了两条原则性解决方案：首先，深化南水北调受水区水价改革，调整水价。按照水价构成理论全面征收水资源费、供水工程成本、环境成本。运用价格这个经济杠杆，把水价提高到或超过外调水的水平。
其次，推行区域综合水价。将成本较高的外调水纳入统一核算，按照一种合理的水价标准，实行全市自来水的同价和各自来水用户取用各种水源的同质同价，可以相对降低最终水价的成本。
在现实当中，因地方政府大多要考虑当地居民的价格接受水平，这两条以市场化成本方式为标准的方案是否能够落实，目前仍无法确定。
根据2001年国务院批复的《21世纪初期（2001-2005年）首都水资源可持续利用规划》，到2005年时，北京基本水价就要达到每立方米6元。
调价之后，北京的基本居民水价，依然只有5元。即使如此，这已经算是一个较为积极的案例。
受经济发展等因素影响，到南水北调来水后，河北的水价协调压力非常大。因该省的水资源费收取一直处于标准较低，少收甚至不收的状态。
“如何协调口门水价和当地水价之间的差额，情况非常不容乐观。”黄河说。
为避免受水区可能出现的因调水价格高继续超采地下水，《条例》亦给出了相应规定：受水区内地下水超采区禁止新增地下水取用水量；具备水源替代条件的地下水超采区，应当划定为地下水禁采区；禁止新增开采深层承压水。
“要保证南水北调工程发挥效益，首先是强令地下水封井，还得要求外调水的百分之几应优先用完，”中国工程院院士王浩表示，现在没有这种比例的规定，也就没有压力，但很快就会出台相关政令。
目前水利部也正在进行南水北调受水区地下水压采的总体方案编制工作，拟报送国务院审批后实施。
“简而言之，最严格水资源管理制度实施以后，对南水北调受水区的用水方式也有非常具体的目标管理制度。它们的任何用水，都要符合‘三条红线’原则。”水利水电规划设计总院副院长李原园说。
但直到东线开始运营、中线也即将通水之际，除一些原则性规定外，答案仍未出现。“南水北调水价既算不清楚，也没人去算。”一位了解决策过程的研究人员如此形容。
今年2月初国务院公布《南水北调工程供用水管理条例》（下称《条例》）之前，各方仍对答案揭晓均抱以期待。最终，在这份堪称南水北调运行纲领的文件中，也只是重申了工程规划时已确定的“两部制”水价原则。核心细节，仍待有关部门另行规定。
南水北调工程独特的“混搭”定位，及由此产生的与现有体制的衔接困难，是局面棘手的重要原因。
中国以往的水利工程主要由政府投资并弥补供水成本。结果是一方面水资源紧张，另一方面用水效率不高。为破除窘境，亦因彼时财政困难，南水北调工程采取了全新的融资建设格局。在此基础上，其被定性为经营型及公益性结合的“准市场运行机制”水利工程，由政府主导，市场化运作，企业化管理，用水户参与。希望实现供水经济、高效、可持续利用。
今年“两会”期间，全国政协委员、南水北调办原主任张基尧对这种体制下的水价阐释了三项原则：一、要保障老百姓用上水，否则工程初衷达不到；二、太低不利于节水，还会加重污染；三、与利益相关者充分协商。
以此为基础，水资源要找到“准市场运行机制”下体现公益性与市场化定价的平衡点，仍不简单。对其运营水价来说，改革对旧体制的两个核心问题是否触及，将十分关键：其一，工程对农业和环境供水造成的亏损，是否有政策性的补偿渠道及方式？
这个问题也导致了对南水北调工程定位的争议：一方认为，工程每年都应按规划调水，否则就是失败，无法维持正常运营。
另一方则坚持，南水北调工程的真正目的不在于调多少水，而是大幅提高受水区的供水保证率，有需要时有水可供，关键只在于落实政策性补偿。
第二个核心问题同样棘手：公益性是否体现在工程完工后的资产折旧中？如考虑，亦即在工程端采取市场化成本定价，则到京津等核心受水区时，虽当地水价已调整了十余年，但口门水价很可能仍将高于当地现行水价。
中央及地方政府都将面临选择：若不补贴，用水端在常规情况下弃用调水，南水北调维稳北方地下水及生态的初衷难以实现；若补贴，则有可能出现“大调水、大浪费”局面。
面对凡此种种，南水北调一期两线调水最终如何定价，将是判断这一工程真实性质的最佳标准。
非计划筹资
因大量财政资金被投入1998年洪灾后的重建过程，政府财力有限，通过收水费筹措部分工程资金并大量向银行贷款，是南水北调工程在初始阶段就定下的原则。
这也意味着，跟以往水利工程相比，南水北调工程运营对水价的重视程度要更高。
据2002年12月由国务院批复的南水北调工程总体规划，南水北调工程计划投资5000亿元，建设50年。其中，东中线一期工程1240亿元，分别是东线320亿元、中线920亿元。
工程的三条筹资渠道为：一、中央财政资金248亿元，占20%；二、地方筹集南水北调基金434亿元，占35%；三、银行贷款558亿元，占45%。
按规划，中央财政资金主要靠中央财政预算及国债。因当时预算中对水利建设的总投资仅为400亿元，故资金筹措重点是灵活的预算外国债资金。
2004年时，国务院又正式批准成立南水北调基金，并要求受水省市按调水量承担基金征缴费。
剩余约一半资金缺口只能向银行贷款。因利息被国家调控下降15%、银行资金有限且不愿担风险，最终采取银团贷款模式。同样在2004年，由国开行企业局牵头、九家银行组成的银团，协议向工程贷款558亿元。
但这一筹资框架并未实施到底。受国家补偿政策变更、工程量增加、物价上涨及利息等因素影响，到2005年东中线一期工程可行性研究报告编制完成时，建设资金总量比总体规划翻了一番，达到2546亿元。
因原有的三条路径已经被证实难以走通，最终多方协调确定的新格局为：将三峡工程基金在三峡工程建成后转化为大型水利工程建设基金，其中一部分（前期大概占到75%）用于南水北调工程建设，剩余部分用于三峡后期建设和扶持。
此时的资金结构变为：中央投资414亿元，占16%；南水北调基金减少到290亿元，占11%；贷款仍为558亿元，占21%；水利工程建设基金1241亿元，占49%；地方筹资43亿元，占2%。
这种格局减轻了地方的负担，亦为南水北调干线工程建设做实了建设资金来源。此外，各方还对未来（国务院批复可行性研究报告是2008年，工程投资以2007年物价水平测算，工程结束是2014年）可能的建设成本上涨预留了空间。
按国家审计署对项目进行审计的最终结果，南水北调的最终建设成本可能在2546亿元基础上再增加约600亿元，达到3000亿元左右。增加部分通过延长南水北调工程建设基金解决，仍不足部分则向银行贷款，本息由水利工程建设基金偿还。
但这仍然是较为保守的数字。国家发改委原副主任杜鹰则在一次建设会议上透露，随着工程的进展，估计南水北调一期工程通水时的成本将达3500亿元。
“两部制”真意
在南水北调工程总体规划阶段，已制定了南水北调工程水价形成的基本思路，即水价形成与资本市场开放程度相协调，达到既可使水价在居民和企业的承受能力以内，同时又有利于达到筹集工程建设资金和维持工程良性运行的目的。
为偿还至少翻番的建设成本及利息，同时维持工程的后期运营，南水北调水价的制定，并不容易。
中国现行的水价制定标准是并不复杂的单一制水价，即“工程成本+税费+合理利润”。
但是，“如实行单一制水价，工程管理单位将完全受制于受水区的用水需求情况，”国务院南水北调办经济与财务司司长朱卫东近期在《南水北调报》上刊文解读，“一旦受水区用水量较少（甚至不用水），工程管理单位将不能收取到足够的水费，无法偿还工程运行维护费用及贷款本息，无法持续运行。” 为满足上述多重水价标准，南水北调在尚不成熟的基础上设定了新的水费收取模式，即“两部制水价”。
所谓“两部制”，是根据产品成本分为固定及变动成本原理，将产品价格分为基本价格（或容量价格）及计量价格两部分。前者对应固定成本，后者对应变动成本及利润等变动因素。这种制度下的基本价格按一定销售量核定，不随销售变化而变化，计量价格则按实际销售量收费。
该制度主要应用于一些投资成本大、生产单位和销售对象比较固定、产品不能被大量储存的行业，是鼓励用户充分利用生产能力降低成本而设计的一种价格制度。中国最典型的例子，是电力系统实行的两部制电价制度。
具体到水利工程，这一计价制度将有利于防止不同周期同一用户需求波动而带来费用负担的大幅度变化，使其在不同周期的负担较为合理均衡。
除此之外，在工程规划阶段，国务院曾让各地申报需调水量。一开始各地的申报数字非常踊跃，但最终国务院要求各地按照申报数字承担基本水费后，各地的积极性不同程度地打了折扣。
根据《条例》，南水北调工程供水实行由基本水价和计量水价构成的两部制水价，收取的水费专项用于南水北调工程运行维护和偿还贷款。
这只是原则和方法，要想走到实际的水价制定阶段，仅关于两部制水价本身如何细化方案，仍有大量研究、讨论和协商制定的工作要做。
首先，要实现两部制水价应采用何种模式，关键是基本水费高低和基本水量大小的确定。对调水工程而言，基本水量定得较高，可发挥调水工程能力，提高用水效率；基本水费较高，能保证供水工程正常运行所需的经费，但需考虑用户的承受能力和可接受性。
计量水价的制定亦有学问。“定得较低，可引导城市用户多用外调水，减少城市挤占农业和生态用水，尤其是减少地下水的超采；定得较高，有利于促进节水，提高水利用率，但对改善农业生产条件和生态环境的贡献会减小。”南水北调中线干线工程管理局经济师胡佩玉认为。
因南水北调中线工程沿线受水区既有经济较为发达的北京、天津，也有经济欠发达的河南、河北，如何统一定价，协调过程至今尚未结束。
除此之外，据《财经》记者了解，在总体规划阶段，南水北调工程的两部制水价包含的仍是容量水价与计量水价。到可行性研究阶段，表述已改为实行基本水价与计量水价相结合的两部制水价制度，并最终被写入《条例》。
变化看似细小，其实也暗藏深意。
按照现行供水管理体制，城市自来水和水利工程供水分开管理，管理办法有两部，《城市供水价格管理办法》和《水利工程供水价格管理办法》。对城市自来水和水利工程供水的两部制水价分别进行了规定。
前者规定的是容量水价和计量水价相结合的两部制水价；后者规定的是基本水价和计量水价相结合的两部制水价。随着近几年中国水资源管理体制改革及水务一体化逐步实施，城市自来水和水利工程供水逐步实行统一管理，两者之间的界限正在越来越模糊。
问题在于，《条例》规定的两部制水价，采纳的标准是《城市供水价格管理办法》，它重点考虑的是城市供水工程的特点，即工程在建设时大多使用了银行贷款，需还本付息，在确定价格时主要考虑还本付息，因此在容量水价中计入了贷款利息。
这种标准可能造成的问题是：其容量费用能满足贷款还本付息的要求，但工程的基本运行维护费用却难以得到保障。
相较之下，《水利工程供水价格管理办法》则主要考虑已建厂水利工程的特点，基本水价的制定更侧重于保证工程正常的运行维护，但与此同时，因以往水利工程使用贷款较少，大多没有还贷任务，则还本付息的费用将难以得到有效保障。
“由于两个办法规定的两部制水价制度所采用的名称不一样，成本分摊内容不尽相同，因此给理论界和实际政策执行带来了很大的困扰。”南水北调办的一位相关研究人员说。
如何结合二者形成新的适合南水北调工程的两部制水价，仍是问题。
成本>价格？
即使两部制水价的计算标准得以确定，仍只是最终水价确定的第一步。
因南水北调工程按不同的范围进行管理，所以会产生三个级别的水价：
1.总干渠至各省市分水口门水价（即两部制水价的计算范畴）；
2.各省市支干渠到自来水厂或斗渠口的水价，在分水口门水价的基础上，受水区用水户的水价还要考虑分水口门至自来水厂的配套工程、城市自来水厂及配水管网、污水收集与处理等环节的成本；
3.在上述基础上，加上利润，形成用户水价。
因相关部门一直未曾公布水价成本的准确构成及计算方法，有关南水北调入户水价将高达8元到10元的说法，一直未曾消停。
对此，南水北调办曾多次辟谣，并组织专家座谈，集中讨论成本下降空间以及输送可行性等关键问题。
而被国务院定为南水北调工程后期运营主管部门的水利部，也曾组织过山东、江苏两省的相关部门一起核算水价。但经多次协调，水价问题仍难以达成一致。
上述一系列调查及研究，结果并未公布。
在分析相关情况时，水利部发展研究中心副主任黄河告诉《财经》记者，实际上，中国的水价制定，其实早有一套成熟的计算方法，虽然复杂，但相关数据确定后，水价的计算其实有章可循。
但目前到底相关数据如何取舍，各方一直难以达成共识。就《财经》记者所了解的情况来看，主要分歧有两点，即自然条件及经济政策。前者主要影响工程固定资产投资和年运行费；后者包括投资政策（是拨款还是贷款？贷款多少？年利率多少？偿还期多长？）和利润、税收政策等方面的取舍。
按照学界的一般观点，外界的种种“高价论”，在上述取舍皆采取偏重市场性、以成本定价方式的基础上，到最终用户水价时，的确可能出现。
作为“十一五”期间国家科技支持计划重大项目，中国水利水电科学研究院水资源所工程师秦长海也曾对投资标准提高后的水价进行过测算。 他选择了偏重于公益性的标准：南水北调基金形成固定资产折旧不计入供水费用，其维护费用则计入供水费用中；中央预算拨款和银行贷款全部计入供水费用；配套工程成本计入水价。
最终结果为：东线工程中德州市的主体工程水价最高，为1.92元/立方米；中线工程天津市的调水水价最高，达到3.03元/立方米。
以上价格是在资本金利润率为1%的基础上计算得出的，在这个水平下，南水北调工程将承受较大的财务风险，如果将资本金利润率提高到8%，那么调水水价还将显著提高。
从上述研究结果可以发现：除距离水源地较近的地区外，各受水区主体工程水价要高于当地现行的水资源费，考虑配套工程成本和污水处理费后，调水水价将高于各受水区现行的水价。
在此基础之上，南方北调水的最终用水价格是否也要翻番？地方政府对此十分头疼。
以山东为例：国家发改委初步测算南水北调山东段平均水价（俗称“工程水源费”）为1.54元/立方米，其中基本水价0.76元/立方米、计量水价0.78元/立方米。而2012年的《山东省水资源公报》显示，2012年山东的水资源费标准分别为：地下水0.65元/立方米、地表河库水为0.3元/立方米，黄河水价格更低。
如果按目前南水北调测算的1.54元计算，最后山东到终端用户的平均价格大概在6元，远高于目前山东地下水、黄河水等用水价格。
“不缺水的时候水来了，而且是高价水，地方政府的协调工作做起来就很难。”山东省南水北调工程建设管理局一位相关人士表示。
特别是在当地水资源够用的前提下，南水北调的高水价问题，已在很大程度上影响了受水区城市的调水量。
在山东上报水利部的2014年调水计划中，仅有济南、枣庄、青岛、潍坊、淄博五个城市上报了调水计划，总计7750万立方米。
按原定规划，这五个城市承诺多年平均调水总量应为5.12亿立方米。此外，济宁、菏泽、滨州、东营等八个城市原定的多年平均计划调水量总计9.55亿立方米左右，但目前均无调水安排。
类似的情况也已在江苏出现。按照扬州、淮安、宿迁等七城市上报的2014年度调水量，很可能有一部分会调入调蓄水库，并未到达终端用户。
并轨寻路
在受水区只把南水北调水当做备用来水的情况下，两部制水价想要执行，地方必须按时足额缴纳基本用水费。
但目前的问题在于，虽《条例》中已明确工程管理单位与受水区签订供水合同，约定年度供水量、供水水质、水费缴纳时间和方式、违约责任等。但在工程管理单位尚未明确建立前提下，已有的供水协议，并不具备强制性。
“工程建设前并未达成广泛的统一意见并通过有效方式形成协约，受水区也就不愿意承担应有的责任和义务。”一位相关研究人员对此指出。
除因不缺水而弃用调水之外，如何保证缺水的地区不因调水价高而弃用，亦是不得不考虑的问题。
以北京为例，其设计的水资源联合调度原则是优先使用调水，适当补充当地地表水，控制开采地下水。但从供水成本分析，用户希望的用水优先顺序与水资源调度原则恰恰相反，如果没有政府的大力支持，南水将很难进入当地水市场，也就无法把地下水和生态水资源置换出来。
2014年5月1日，北京开始实施居民新水价。居民水价每吨由4元涨到5元，并按用水量实行阶梯水价。非居民用水统一调整到8.15元，分两步实施。自5月1日起，水价调整为7.15元，自明年1月1日起，调整为8.15元。特殊行业用水价格大幅度提高，每立方米达160元。
调价之后，北京最新的水资源费为1.57元/立方米。而根据多年前《南水北调中线一期工程项目可行性研究总报告》测算的北京段口门水价，则在2.023元-2.324元/立方米。
对于自来水厂来说，按照现行的会计准则，愿意接收调水工程水源的前提条件是口门水价不高于当地水资源费，否则会直接影响水厂供水利润。目前的差额，显然不利于提高自来水厂的积极性。
面对这种情况，山东等地有相关官员建议，因南水北调作为国家战略性及公益性工程，所以基本水价应由中央、省、地方共同承担，终端用户只承担计量水价的费用。此外，在调水缓冲期内，应实行水价优惠措施。
黄河则认为，南水北调的调水成本远高于受水区开发当地水资源的成本，如果水资源费在水价中比重太低，甚至只体现工程价，讲究“实惠”的使用者，势必继续掠夺式开发当地水源，而不用北调的江水。
就可能出现的水价倒挂，《条例》提出了两条原则性解决方案：首先，深化南水北调受水区水价改革，调整水价。按照水价构成理论全面征收水资源费、供水工程成本、环境成本。运用价格这个经济杠杆，把水价提高到或超过外调水的水平。
其次，推行区域综合水价。将成本较高的外调水纳入统一核算，按照一种合理的水价标准，实行全市自来水的同价和各自来水用户取用各种水源的同质同价，可以相对降低最终水价的成本。
在现实当中，因地方政府大多要考虑当地居民的价格接受水平，这两条以市场化成本方式为标准的方案是否能够落实，目前仍无法确定。
根据2001年国务院批复的《21世纪初期（2001-2005年）首都水资源可持续利用规划》，到2005年时，北京基本水价就要达到每立方米6元。
调价之后，北京的基本居民水价，依然只有5元。即使如此，这已经算是一个较为积极的案例。
受经济发展等因素影响，到南水北调来水后，河北的水价协调压力非常大。因该省的水资源费收取一直处于标准较低，少收甚至不收的状态。
“如何协调口门水价和当地水价之间的差额，情况非常不容乐观。”黄河说。
为避免受水区可能出现的因调水价格高继续超采地下水，《条例》亦给出了相应规定：受水区内地下水超采区禁止新增地下水取用水量；具备水源替代条件的地下水超采区，应当划定为地下水禁采区；禁止新增开采深层承压水。
“要保证南水北调工程发挥效益，首先是强令地下水封井，还得要求外调水的百分之几应优先用完，”中国工程院院士王浩表示，现在没有这种比例的规定，也就没有压力，但很快就会出台相关政令。
目前水利部也正在进行南水北调受水区地下水压采的总体方案编制工作，拟报送国务院审批后实施。
“简而言之，最严格水资源管理制度实施以后，对南水北调受水区的用水方式也有非常具体的目标管理制度。它们的任何用水，都要符合‘三条红线’原则。”水利水电规划设计总院副院长李原园说。