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分子对接是计算机辅助药物分子优化设计中的一种重要方法，搜索算法和评分函数是当前分子对接研究的难点与热点．在借鉴当前分子对接构象搜索策略的基础上，提出了一个基于免疫遗传算法的分子对接药物设计方法AutoDockIGA．首先建立了基于最优化方法的分子对接数学模型AutoDock—Model，并设计了基于免疫遗传算法的构象搜索策略，运用此方法对布克海文蛋白质数据库中(Brookhaven Protein Data Bank)的6种蛋白质一配体复合物进行了实验测试，并将实验结果与AutoDock3.0、模拟退火算法的对接时间和精度进行比较和分析，实例测试表明AutoDockIGA具有更高的寻优能力．