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目的 应用16S rRNA序列分析技术鉴定临床少见或疑难细菌,提高细菌鉴定的准确性。方法 收集临床少见或疑难细菌44株,提取DNA,采用通用引物进行PCR扩增及目的片段基因测序,并将测序结果在核酸数据库中比对分析以确定菌种。结果 44株临床少见或疑难细菌均扩增到16S rRNA目的基因片段并成功测序,40株（90.9%）鉴定到“种”,4株（9.1%）鉴定到“属”;其中常规方法与测序方法在“属”水平一致的有34株（77.3%）,不一致的有10株（22.7%）。结论 16S rRNA序列分析技术可以准确、快速