目的:为保障短缺药品供应提供参考。方法:采用问卷调查方式对全国40家医疗卫生机构的药品短缺情况进行实地调查,基于调查数据构建计量模型对医疗卫生机构药品短缺原因进行实证分析。结果:共发放问卷40份,回收有效问卷26份,有效回收率为65.0%。受访机构中共获得87个短缺药品样本,涉及33种药品;82.8%的短缺药品样本的短缺时间超过3个月,甚至有21.8%短缺时间超过12个月。导致药品短缺程度更高的共性原因主要为:未进入省级招标目录、采用政府定价方式、存在调剂使用机制和未设立省级常态化储备机制。除共性原因外,导致药品短缺程度更高尚有基于临床需求必要性、基于药品属性(常用、罕见)、基于药品价格等方面的一些个性原因。结论:影响医疗卫生机构药品短缺程度的原因有多种,其中既有共性原因也有个性原因,要从源头解决药品短缺问题需要多方面的政策和制度配合实施。