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目的设计政府会计制度下的医院科研项目预算管理体系,有效提高科研机构科研项目预算管理水平,最大程度地发挥科研经费的效益。方法运用案例分析法对某综合医院科研项目预算管理系统的具体应用模块进行分析,总结了科研项目预算系统在医院的应用价值。结果医院科研项目预算系统可以从项目档案、项目控制方案、项目预算额度等维度对项目进行实时有效的控制。结论该研究结果可以作为政府会计制度下医院科研项目预算管理系统的参考。