【摘 要】
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目的分析2011—2017年上海市风疹病毒(rubella virus，RV)野毒流行株的分子流行病学特征。方法选择2011—2017年上海市报告疑似麻疹/风疹病例中经实验室诊断排除麻疹，确定为风疹病例所对应的咽拭子标本进行RV分离，用一步法逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction，RT-PCR)扩增病毒E1基因，扩增产
【机 构】
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200025 上海交通大学医学院免疫学与微生物学系；200336 上海市疾病预防控制中心病原生物检定所,200336 上海市疾病预防控制中心病原生物检定所,200336 上海市疾病预防控制中心病原生物
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目的分析2011—2017年上海市风疹病毒(rubella virus，RV)野毒流行株的分子流行病学特征。
方法选择2011—2017年上海市报告疑似麻疹/风疹病例中经实验室诊断排除麻疹，确定为风疹病例所对应的咽拭子标本进行RV分离，用一步法逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction，RT-PCR)扩增病毒E1基因，扩增产物进行核苷酸序列测定，并进行分子流行病学分析。
结果684份咽拭子标本共分离到395株RV，获得其中377株RV的739个核苷酸(nucleotide，nt)(nt8731～9469)序列。序列同源性分析表明，377株RV分离株分别属于两个不同的基因型，109株为1E基因型，与来自中国的参考株(RVi/Shandong.CHN/0.02/)亲缘性关系更近，其他分离株均为2B基因型，5株分离株在2B基因型中成一个独立小分支。377株RV分离株大部分的核苷酸突变为无义突变，氨基酸(amino acid，aa)序列高度保守，除1株外所有1E基因型RV分离株在E1蛋白aa338位点发生相同突变(亮氨酸→苯丙氨酸)，而2B基因型分离株以及其他基因型WHO参考株在该位点均未发生改变。
结论2011—2017年上海市存在两种不同基因型RV流行，其中2011—2013年1E基因型为优势基因型。继2011年首次监测到2B基因型RV后，便持续存在流行，并自2014年起成为上海市的优势基因型。
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