为研究广东省不同地貌高产水田土壤微生物群落特征，以及更好推进垦造水田建设工作。以广东省南雄市、清远市清城区、英德市、惠州市博罗县和惠东区的高产水田耕作层和犁底层土壤为研究对象，函括了山地丘陵区、平原区、丘陵台地区和丘陵地区。比较高产水田土壤有机质含量，利用高通量测序分析土壤中细菌的群落组成、多样性及差异性物种。结果表明：（1）耕作层的有机质含量总体上高于犁底层，其中英德市高产水田耕作层有机质含量均高于24 g/kg,其次是惠东区，平均有机质含量为20 g/kg;（2）15块高产水田微生物相对丰度较高的属主要包括拟杆菌属（Bacteroides）、粪杆菌属（Faecalibacterium）、JG30-KF-AS9、毛螺菌属（Lachnospira）、Muribaculaceae、罗斯氏菌属（Roseburia）、亚硝化杆菌属（Candidatus＿Nitrosotalea）、乳杆菌属（Lactobacillus）、巨单胞菌属（Megamonas）;（3）惠东区和博罗县高水田耕作层和犁底层的香农（Shannon）指数、辛普森（Simpson）指数高于另外3个地区高产水田。清城区高产水田耕作层的多样性指数最低，惠东区、南雄市的耕作层与清城区的耕作层差异性较大，博罗县的耕作层与南雄市的耕作层微生物相似性较高，博罗县的犁底层与惠东区的HD1L和HD2L相似性高，但与HD3L差异性较大。垦造水田的日后建设应以高产水田作为参考，包括综合模式种植的考虑，并在有机质含量和pH值方面调整，以有利于基于旱地为背景下改造而成的水田土壤中微生物健康群落构建。