为了研究高原放牧牦牛瘤胃甲烷菌多样性,为甲烷减排技术提供基础依据。选取体况相近健康的青海高原放牧成年牦牛作为试验动物,采用液氮研磨+改进的CTAB法分别提取瘤胃食糜和瘤胃液总DNA,以产甲烷菌特异性引物Met86F/Met1340R扩增16S r RNA基因,分别构建16S r RNA基因克隆文库,分析青海高原地区放牧牦牛瘤胃产甲烷菌的多样性。结果表明:瘤胃食糜、瘤胃液两个克隆文库共200个序列。126个序列(瘤胃食糜68个、瘤胃液58个)属于甲烷短杆菌属,占总序列的63%,8个序列(瘤胃液)属于甲烷杆菌属,占总序列的4%,12个序列(瘤胃食糜7个、瘤胃液5个)属于甲烷球菌属,占总序列的6%,1个序列(瘤胃液)属于Archaeon,占总序列的0.5%,其余53个序列(瘤胃食糜25个、瘤胃液28个)属于未分离鉴定的古菌,占总序列的26.5%;在200个序列中,70.5%的序列与已知的产甲烷菌的相似性≥97%;3%序列与已知的产甲烷菌的相似性在92%~96%,剩余的26.5%序列为未分离鉴定的古菌序列。同时发现,瘤胃食糜以Methanobrevibacter ruminantium strain Yak M3为优势序列,瘤胃液以Methanobrevibacter sp.1Y为优势序列,且在瘤胃液中还检测出7个序列属于Methanobrevibacter millerae,8个序列属于Methanobacterium flexile。系统进化分析表明,这些序列属于Methanobrevibacter,Methanobacterium,Methanosphaera和Archaeon等4个分支。青海高原草地放牧牦牛瘤胃的产甲烷菌以Methanobrevibacter为优势菌群,且产甲烷菌菌群组成在瘤胃固液相中存在一定差异。