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目的：对胆南星发酵过程中的微生物进行分离与鉴定，筛选优势菌种并对胆南星复合菌种发酵进行探索，以解决胆南星杂菌发酵工艺产品质量及稳定性不易控制的问题。方法：取胆南星发酵过程中的深层培养物进行菌种分离与纯化，运用细菌、真菌多相鉴定检测方法及全自动微生物分析系统，比对DNA序列，鉴定微生物，将分离鉴定出的菌种分别进行纯种发酵并筛选优势菌种，将筛选出的优势菌种进行复合菌种发酵探索，比较复合菌种发酵胆南星与传统发酵胆南星的指标成分含量差异。采用超高效液相色谱-三重四极杆串联质谱法（UPLC-QqQ-MS/MS）对传统发酵胆南星和复合菌种发酵胆南星中的指标成分进行含量测定，流动相0.1%甲酸乙腈溶液（A）-0.1%甲酸水溶液（B）梯度洗脱（0～2 min,35%～45%A;2～10 min,45%～48%A;10～12 min,48%～100%A;12～12.01 min,100%～35%A;12.01～15 min,35%～65%A），流速0.35 mL·min-1，采用电喷雾电离源（ESI），负离子采集模式，扫描方式为多反应监测（MRM）模式，采集范围m/z 50～1 000。结果：从胆南星深层培养物中共分离鉴定了8种微生物，筛选出肠球菌属Enterococcus sp.（厌氧）和铅黄肠球菌E. casseliflavus是胆南星发酵过程中的优势菌种，以二者作为复合菌种发酵制得的胆南星与传统发酵法样品比较，游离型胆酸中的鹅去氧胆酸、猪去氧胆酸和猪胆酸质量分数分别增加1.76、0.06、0.19 mg·g-1，结合型胆酸中的甘氨鹅去氧胆酸、牛磺鹅去氧胆酸、甘氨猪去氧胆酸、牛磺猪去氧胆酸、甘氨猪胆酸、牛磺猪胆酸含量较传统发酵胆南星分别降低0.63、0.23、0.26、0.16、0.03、0.04 mg·g-1。结论：复合菌种（肠球菌属和铅黄肠球菌）发酵能够使胆南星发酵更加完全，缩短发酵周期，并能够提高产品的质量及其稳定性。