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目前的多基因组比对算法需要大量时间和内存开销，多基因组索引（MuGI）的比对算法速度较快，但未能利用多基因组重复信息。为此，提出一种改进的MuGI索引比对算法。运用带单核苷酸多态性剪枝的动态种子扩展算法及多基因组的重复信息，提高比对速度。同时采用按需读取索引的内存管理策略，提高算法的空间效率。实验结果表明，改进算法仅需6GB运行内存，即可在1092人基因组上进行比对，并且误配阈值为5的比对速度为MuGI算法的3倍左右。